瑪雅人以其創造的燦爛文明，贏得了“新世界的希臘人”的美譽。然而，到了公元9世紀，瑪雅文明卻驟然停止了，瑪雅古城逐漸被中美洲一望無際的熱帶叢林所覆蓋，沉睡了好幾個世紀，逐漸被人們遺忘。直到西班牙人入侵後，人們才重新看到了這座曾經輝煌的土城。
美國的瑪雅學學者莫利從瑪雅社會的結構及其生產力關係的發展角度指出，瑪雅文明的突然衰落源於落後的生產力與驚人的社會分化所引起的矛盾。
瑪雅文明屬於城市文明，它的主導政治力量、精神、文化活動以及所有優秀人物都來自城市。然而，這些城市是靠農民勞動來供養的。因而瑪雅社會是由貴族和農民兩部分構成的，階級等級是十分森嚴的。貴族和僧侶們住在居高臨下的宮殿和廟宇中，掌握著特權；農民居住在城外，辛辛苦苦地勞動以供養城內的特權階級。農閑時，農民還要和奴隸一起從事建築工作，將石塊和建築材料運到城市。
僧侶和貴族衣食無憂，沉迷於研究星象、設計城市，忽略了發展最基本的生產力。而愚昧的農民始終用極為原始的方法耕作，他們甚至沒有發明耕地的犁。隨著人口的增多，為了獲得更多的糧食，農民們把樹木砍光，燒荒種地，土壤肥力耗盡時，就用另一塊。時間一長，城市周圍的土地日漸緊張，農民必須去更遠的地方開墾荒地，越來越遠離城市。這樣，在農田與城市之間就出現了一條寬闊的貧瘠地帶。當許多城市周圍幹涸的荒地連成一片之後，饑餓就迫使瑪雅人棄城而走，原有的城市文明遭到拋棄。同時，由於占絕大多數的農民從未接受過教育，根本無法承擔起傳承文明的曆史使命；而養尊處優的貴族知識分子沒有了農民所提供的物質基礎，也很難生存下去，很快便消失了。瑪雅文明就這樣無可挽回地中斷了。
另一位考古學家湯普森則從外族侵犯的角度對瑪雅文明的湮沒之謎進行解釋。湯普森認為，某個來自墨西哥中部或墨西哥灣沿岸地區的文明程度較低的民族，來到尤卡坦半島，並占領了最北部的一座城鎮，推翻了那裏的統治者。他們的入侵與其說是一次軍事侵略，還不如說是一次文化侵略。因為他們顛覆了瑪雅人已確立起來的政治和宗教秩序。這種情況一直向南蔓延，而淳樸的瑪雅農民不願向野蠻的入侵者低頭，最終導致了農民暴動的發生。但向來熱愛和平的瑪雅人根本不是侵略者的對手，最後隻好棄城而走，瑪雅文明便這樣中斷了。
盡管莫利和湯普森的理論有許多難以解釋的地方，但受條件的限製，沒有人能提出更合理的結論，所以他們二人的觀點便一直主導著瑪雅學術界。直到20世紀60年代和70年代，語言學家們終於破譯了古代瑪雅人的象形文字，發現瑪雅人根本不是愛好和平的民族，其統治者也像許多古老民族的領袖一樣，那是好戰的武士。這一發現使人們對莫利和湯普森的理論產生了懷疑。
考古學家們在擺脫了莫利和湯普森理論的束縛後，發現了更多的證據，向我們展現了瑪雅人窮兵黷武的一麵。比如，那一塊塊巨大的石碑上，記載的都是有關戰爭策略、血腥的戰場以及殘忍地以被俘的敵人獻祭的詳盡的描述。在蒂卡爾，人們發現一些曾被當作護城河和胸牆的長而狹窄的壕溝和土埂。在卡拉科爾，人們曾發現建築物上有燒焦的痕跡，在一座金字塔的地板上發現一個未埋葬的兒童的屍骨。
還有學者在伯利茲的某個地方發現了武器；在危地馬拉北部地區挖掘出成堆的、被砍下的人頭……種種證據使考古學家們得出較為一致的觀點：正是瑪雅各個城邦之間的連綿不斷的戰爭最終摧毀了瑪雅文明。
雖然考古學家都普遍認同是無休止的戰爭摧毀了瑪雅文明，但我們也不能否認環境因素在其中起了極大的促進作用。因為在1995年的時候，古氣候學家在研究尤卡坦半島中部的奇徹坎努博湖底的沉積物時，發現在公元800～ 1000年這一時期的沉積物中，硫酸的含量很高。硫酸通常是在幹旱時期才會沉到湖底。這就表明該地區在這一時期可能發生過嚴重的幹旱，造成莊稼欠收、餓殍遍野、疾病盛行。外界環境的壓力與無休止的內戰、外戰結合在一起。極大地削弱了瑪雅人的實力，使他們在最終的危機麵前不堪一擊。當然這最終的危機因城鎮而異。
這是目前我們能夠看到的最合理的解釋了，但這一理論也存在許多漏洞，難以自圓其說。瑪雅文明的湮沒之謎隻能在科學家們掌握更多的資料後才能揭開。但總有一天我們可以依靠先進的科學手段讓沉默著的廢墟、古跡開口，說出這個謎底。