在數學方麵瑪雅人取得了很高的造詣，但非常可惜，有關瑪雅數學的圖書或文獻一本也沒有流傳下來，這也成為世界文明的一大損失。這些失落了的數學與科學文獻，成為又一個古瑪雅文明的失落之謎。
瑪雅人的數學體係有一個顯著的特征，在這個體係中最先進的便是“0”這個符號的大量使用。“0”這個符號在世界各個古代文明中的數字寫法中最別具一格，從時間上看，它的發明與使用比亞非古文明中最先使用“0”這個符號的印度數字還要早一些，比歐洲人大約早了800年。瑪雅數學體係采用二十進位製的數字寫法。
在瑪雅遺址出土的一枚印章可以看到彎曲的曲線和圓形，這也是瑪雅人對數字的獨特創造。瑪雅人用兩種方法書寫數字，一種是用20個頭像來表示0～19；另一種是用線條加圓點的辦法，一個圓點代表1，一個線條代表5，貝殼形象符號表示0等。這些數字可以橫寫，也可以豎寫。用這種奇特的方式來進行生活中的計算、記錄，不知道充滿智慧的瑪雅人是如何摸索出來的!
瑪雅數字的體係既有其特色，也有其適用性與科學性。據專家研究，在世界各古代文明中，除了起源於印度的阿拉伯數字之外，瑪雅數字要算是最先進的了。把0放在1之前，是瑪雅數學的獨創，它使進位寫法更為方便，更為科學。瑪雅的數字寫法也是分級進位的，通常寫的是二十進位製的四個級，即以1為起點的第一級，以20為單元的第二級，以400為單元的第三級和以8000為單元的第四級。第一級的寫法和現在用的十進位製無大區別，但第二級以上各級就大不相同了。第二級一個“·”即1×20，數目是20，兩點“··”就變成2×20，數目就是40，它的19就是19×20=380~，以此類推，在第三級中l是400，2就是16000，如此類推。這種按級計算的數字，寫時必須將各級都分清楚，然後合起來算出總數。級數通常是由下往上寫，該級無數就寫成0。這種進位製的計算方式也適宜於其他的進位製，甚至各級中若用別的進位也不礙於運算。
在瑪雅社會中，祭司掌管數學，也許瑪雅人的數學發明與大自然的神靈有著密不可分的聯係。祭司對瑪雅數學的發展，做出了巨大貢獻。出於職責所需，祭司在不斷地觀察天象的基礎上，還有規律地每日積累著天文知識，從而推動數學成就的提升。同時，介於人神之間的祭司，還是瑪雅社會的權威，．他的職責在於將神的意旨傳達給人們，告訴人們哪位神需要人祭，哪一天羽蛇神降臨，哪一天戰神來臨……祭司在瑪雅社會幾乎成了無所不能的萬事通了，因此可以想見祭司在瑪雅數學發展中是一個多麽重要的角色。
從瑪雅文明中眾多的建築物上也可以領略到瑪雅人的數學智慧。諸如金字塔、神廟這樣的巨型建築物以及建築群落的設計、定位，這與數學知識是密不可分的。
最為奇特的是，瑪雅人還利用數學知識計算過太陽曆一年的時間，據說精確度比現在通用的格雷戈裏曆法還精確。他們計算出金星公轉周期是583．92天，大概1000年才有一天的誤差!瑪雅數學大量被運用於天文、曆法、農事方麵，能夠準確算出雨季、旱季，從而保障了農業生產。為什麽瑪雅人能夠創造出如此發達的數學知識?也許人們又會將其歸之於不可想象的因素，但是這其中的來龍去脈還有待人們慢慢地去理順。