2001年3月13日和3月15日，北京大學城市地理係教授、環境考古學專家們乘坐深水探測潛水器，數次下潛撫仙湖，進行了長時間的水下調查，潛水器深水電視攝像機拍攝了大量圖像，並從現場打撈出古遺址第一塊人工雕鑿石塊。

經專家水下現場考證，結合大量電視、照片資料，以及國家有關水文勘測資料綜合分析，新發現的撫仙湖水下古文明遺址現已初步確定其定位、區域及成因。

該遺址是一座古滇村落群，其建築構造與塞外古長城埂相似，各類建築均采用石質，其加工水平和建築規模表明該村落具有較高文明程度。村落區內的房基、石板道路及規整牆體，顯示出已初具城市功能，在我國現存遠古建築中實屬罕見。

整個村落群傍山臨水而建，所傍數座山體有大麵積斷裂陷落痕跡。專家認為，古滇村落群是在一次巨大的自然災變中陷落水中的，山體下陷年代大約在2000多年以前，可能與澄江當時的一次大地震有關。該村落群的準確陷落原因和年代，還有待於進一步考證。

這個村落群大約由8個石頭建築群組成，分布在南北長3千米、東西寬20千米的水域中，麵積約3平方千米。核心區域的5個群落基本連片，各個群落建築體量各異。前往調查的記者根據水下聲納顯示目標，對l號、2號、3號群落進行實地調查，均證實古村落建築群的存在。其餘4個群落還有待於進一步水下考查證實。

專家認為，水下古滇村落群的考查，進一步證實古滇確實出現過重要的文明時期，發掘、整理、弘揚“古滇王國”文明，有利於增加雲南古文化內涵，在不久的將來，隨著人們考查的不斷深入，古滇村落群的真相將大白於天下。