赤潮是由於海水中浮遊藻類、原生動物、細菌異常增殖或聚集而引起海水變色的現象。它的發生是有機物和營養鹽過多而引起的，是一種生態異常現象。一旦在海域內發生赤潮，會給海洋中生活的其他生物、給海洋環境乃至生活在這一海域沿岸的居民造成嚴重危害。盡管人們已投入大量人力物力去研究赤潮，但是，時至今天，人們對引起赤潮的原因尚未完全弄清楚。對此，專家們各執一詞，歸納起來主要有以下幾種說法。
第一種說法：全球氣候變化帶來的影響。海洋中的赤潮生物種類繁多，它們都有適宜各自生長的季節。當適合某種藻類的季節來臨時，海水裏又含有藻類生長所需要的足夠養分，那麽這種藻類就可能大量繁殖，引發赤潮。隨著經濟的發展，全球氣候變化加劇，地球出現了厄爾尼諾現象。當有厄爾尼諾出現的年份，赤潮發生的數量和規模都大大增加。在厄爾尼諾活躍的1998年，我國沿海從南到北發生多次大規模的赤潮事件，給水產養殖業和海洋生態環境造成了極大破壞。
第二種說法：受風、流等的影響。赤潮生物是一種單細胞生物，其移動範圍有限，它的分布、聚集和分散直接受到水體運動的影響。水體運動可將赤潮生物帶到適合其生長繁殖的水域。風對赤潮生物的影響是兩方麵的。一是在風大的條件下，赤潮生物很難聚集，形成不了赤潮。二是在風力適當，風向適宜的情況下，會促進赤潮生物的聚集，使赤潮容易發生。赤潮容易產生於一些港灣就是這個原因。
第三種說法：人類活動的作用。海水的生態平衡、生物資源的破壞主要是由於人為富營養化。造成人為富營養化的因素主要有以下幾點：一、隨著經濟的發展，人類不斷將大量未經處理的生活汙水、工業廢水及農田廢水等排入海洋，汙染了海洋，造成海域的富營養化。二、過度的海產養殖違反生態環境規律，致使養殖業自身汙染日趨嚴重。三、世界各地活躍的貿易活動，促進了船運業的發展。奔忙於世界各地的船舶成了赤潮生物的運輸者。當這些赤潮生物到達合適的環境條件，便會暴發形成赤潮。另外，在養殖業中，隨著魚類和貝類等新品種的引進，也跟著帶來了新的赤潮生物。
赤潮與海洋汙染有密切關係，但是，人們在遠離海岸的大洋深處也發現過赤潮，這是為什麽呢?難道除了海區富氧化能引起赤潮外，還有別的什麽原因?有研究人員提出，暴雨過後，海水表層鹽度迅速降低，也能刺激赤潮生物的大量急劇繁殖，這是否有一定道理?這些問題還有待科學家進一步探索研究。