厄爾尼諾這一名稱原意是"聖嬰降臨，情況有變"，為漁民用來稱呼聖誕節期間在厄瓜多爾和秘魯北部沿海水域出現的暖水現象。後來則被用來稱呼範圍很廣、持續時間很長的海麵升溫。現在討論"海"、"氣"相互作用中，提及的厄爾尼諾現象即為水溫上升異常發展的現象。目前對厄爾尼諾現象的成因有以下幾種說法：
第一種說法：由大洋海底熱水流體運動所致。持這一觀點的研究人員認為，地球內圈岩石圈中存在著相當於水圈中流體總量的另一"大洋"。這種以熱水流體為主的"大洋"在岩石圈中活動非常強烈，每年僅通過海底熱水活動進入海洋的水量，就相當於地表徑流進入海洋總量的十分之一。研究人員還提出，浩瀚的太平洋並不是一個平麵，而是一個傾斜的洋體，即東太平洋高於西太平洋，造成這一結果的動力就是洋脊下熱水流體活動。東太平洋的熱水流體活動比西太平洋強烈，大量的熱水注入東太平洋，使海水體積膨脹，當溫度升高到一定程度的時候，將影響到大氣環流，最終形成厄爾尼諾現象。
第二種說法：地球間歇性不對稱膨脹，引起自轉速度幾年一次的準周期性急劇變慢。地球自轉速度變慢過程中，赤道地區的大氣和海水獲得較多的向東角動量，造成該地區的信風和向西流動洋流減弱、東太平洋冷水上翻湧升流衰緩，加速赤道東太平流海域溫度變暖，促使厄爾尼諾的形成。全球大氣角動量的季節性變化，也引起地球自轉速度冬季慢夏季快的周年項變化，使厄爾尼諾年增溫盛期一般出現於年末前後。
那麽，除了這些"純自然"的因素外，厄爾尼諾現象是否多少與人類活動導致自然環境惡化有關?這些推測都有待進一步論證。直到今天，人們對太平洋中出現的厄爾尼諾現象，仍有許多迷惑不解之處：發生厄爾尼諾現象時，那巨大的暖水流是從何處來的?它的熱源在哪裏?太平洋發生厄爾尼諾現象有沒有自身發生的規律?能否利用海洋中各種要素的變化規律來預報它的發生呢?發生在太平洋的南方濤動與厄爾尼諾之間有必然聯係嗎?如果有聯係，其內在的機理又是什麽?等等。
總之，厄爾尼諾現象的出現，不是單一因素所能解釋的，它的形成機理也許是大自然中海洋水體、大氣、天文等諸多因素作用的結果，相信在不久的將來，厄爾尼諾之謎一定能解開。