歐洲人對瑪雅的初次了解非常偶然，那是1502年，哥倫布第4次也是最後一次遠航南美(當時哥倫布誤認為是印度群島)時，在洪都拉斯海灣地區的市場上見到了一種製作精美的陶盆。據當地的商人說，這種陶盆是從一個叫“瑪雅”的地方運來的。這是歐洲人首次聽到“瑪雅”這個名字，但他們並沒有在意。

歐洲人與瑪雅的第二次接觸則頗為驚心動魄。1511年，有一艘海船從巴拿馬到聖多明各去，船在途中遇海難沉沒，有12個幸存者最終登上尤卡坦半島。過了兩周，這些幸存者與瑪雅人遭遇，其中有5名船員被瑪雅人抓住，並成為瑪雅人祭壇上的犧牲品，剩下的人得以僥幸逃脫。這使瑪雅人在這些歐洲人眼中留下了根深蒂固的印象，這就是恐怖、野蠻、血腥。

接下來，西班牙人開始了征服瑪雅的進程。1517年，三隻四處搜捕奴隸的西班牙船艦在尤卡坦北部的一處島嶼靠了岸，他們發現了島上的居民與他們建築的神廟。有110名西班牙士兵掠奪了神廟裏的財物，其中包括一些用質

量較差的黃金製成的飾物。不過，搶劫並不十分順利，因為這些士兵遭到了成群結隊的瑪雅武士的突襲，但最終西班牙人借助船艦上的先進武器裝備擊退了瑪雅人。

從西班牙士兵與瑪雅戰士的初次衝突到瑪雅地區被徹底征服，大約經曆了30年的時間。1521年，西班牙人埃爾南·科爾特斯首先征服了墨西哥中部的阿茲特克帝國。接著，1524年，科爾特斯親自率軍向東進發到達現在的洪都拉斯。瑪雅人對西班牙入侵者進行了頑強的抵抗，他們攜帶裝滿箭的箭袋，棍棒的兩頭因在火中烤過而堅硬無比，長矛尖銳鋒利，硬木劍的兩頭都鑲有鋒利的刀刃，他們還備有口哨，用鹿角敲打大海龜的背殼以助聲威。但是，在裝備優良的西班牙軍隊麵前，瑪雅人是如此的不堪一擊，他們很快就四散而逃，有的甚至逃往叢林的深處，在那裏永遠地躲了起來。這樣，到了1547年，瑪雅人的聚居地——尤卡坦被全部征服。

然而，對於瑪雅人來說，真正的災難卻不是戰爭，而是瘟疫。瑪雅人對歐洲人帶來的疾病如麻疹、天花和流感不具備免疫力，有上百萬人在疾病和瘟疫中喪生。至於幸存下來的瑪雅人，等待他們的則是西班牙人的殘酷統治。他們被奪走了賴以生活的土地，淪為西班牙領地上的奴隸。西班牙人還企圖清除瑪雅人的宗教信仰，於是瑪雅神廟被搗毀，神龕被砸碎。傳教士對涉嫌崇拜偶像者進行了嚴厲的懲處，他們或遭鞭打，或被滑輪分屍，或受沸水燙灼。瑪雅人生活在痛苦的深淵中。但是，西班牙人對瑪雅的征服也為瑪雅占文明的發現和發掘創造了機會。激動人心的瑪雅占文明大發現將在以後的幾個世紀中展開。