努爾哈赤稱汗的前五年即萬曆三十九年(1611)八月十一日，他把起兵後最親密最得力的戰友、對女真——滿族的崛起立下不朽功勳的女真名酋、他的同母弟舒爾哈齊幽禁致死，年僅四十八歲。努爾哈赤下如此毒手自殘骨肉、自毀長城，是有深刻的曆史原因的。

本來努爾哈赤與舒爾哈齊手足情長，他們同為塔克世原配夫人喜塔臘氏所生。由於兄弟倆年幼喪母，繼母薄情，彼此相依為命渡過了困難的歲月，磨煉了鬥誌。舒爾哈齊自幼就投入了戎伍，隨軍參戰。他性格剛毅，沉勇有大度，富謀略。當其祖、父同時遇難後，他與其兄努爾哈赤共謀起事。努爾哈赤起兵後打著擁明的旗號，一口咬定仇人就是尼堪外蘭，必欲除之而後已，不涉及其他，這樣得以在明廷不許少數民族各部互相兼並的約束下，實際上進行了兼並。這種巧妙戰略的精心策劃，就有舒爾哈齊的一分智慧。所以他們起兵之後，盡管遇到了數不清的困難，但卻一步步地向著預定目標勝利前進。兄弟倆團結奮戰終於消滅了他們認定的仇人尼堪外蘭，同時也實現了兼並諸部的目標。

艱苦的奮戰使舒爾哈齊實力大增，由於他過人的膽識與才幹，很快在建州女真中成為僅次於努爾哈赤的第二號實力派人物。當努爾哈赤築費阿拉城，建“國政”稱霸一方的時候，舒爾哈齊號稱“船將”，成為建州兩大首領之一。他威名遠揚，明朝人稱其為三都督，朝鮮人稱努爾哈赤為老乙可赤，舒爾哈齊為小乙可赤。他是與努爾哈赤並駕齊驅的重要人物。萬曆二十四年(1596)年末到過費阿拉城的朝鮮使者曾記錄說，當年努爾哈赤麾下有精兵萬人，戰馬七百餘匹。．而舒爾哈齊麾下精兵已達五千餘名，戰馬四百餘匹。其中能臣宿將多達四十餘人。朝鮮人還說，他到建州後拜見努爾哈赤，努爾哈赤為他殺牛設宴，見舒爾哈齊時禮節同於努爾哈赤，舒爾哈齊也為他宰牛設宴。當時費阿拉城內正大興土木為這二人建造房舍，雖然分別為兩處，但規格一樣，各為十座房屋，圍以木棚，各造大門，還有閣樓三處，都是磚瓦之房。舒爾哈齊設宴招待朝鮮使者時曾說，日後你們朝鮮使如再來建州饋送禮物的話，應給我們兄弟倆各一份，不要分出等級。我們都會同樣款待你的。

舒爾哈齊擁有實力的增強，確實使他成為一個政治人物。在朝鮮官方文獻上，此時總是老乙可赤與小乙可赤並提，或單提老乙可赤兄弟，即努爾哈赤兄弟。明朝的記載也是如此。《明實錄》記載了舒爾哈齊曾三次代表建州女真率員進京朝貢之事，即萬曆二十三年(1595)八月、二十六年(1598)七月及二十六年(1598)十二月。每次都獲得了“如例宴賞”。《明實錄》在記載他的身份時同努爾哈赤一樣，或冠以“建州等衛夷人”，或冠以“建州等衛夷人都督、都指揮”的字樣。可見在明人眼中舒爾哈齊同努爾哈赤一樣都是建州女真的名酋，是同樣重要的人物。萬曆三十三年(1605)舒爾哈齊妻病故，明遼東總兵李成梁和守備佟某就悉後，立即備辦了祭禮，動用“夷稅銀兩”，置辦了桌席二十張，外加白羊隻等物，派人專程前往赫圖阿拉吊祭。這反映了舒爾哈齊在明人眼中的地位和明朝官員對他的重視情況。

舒爾哈齊的家庭婚姻狀況也反映了他的社會地位。當時除建州女真外，海西女真勢力強盛，而尤以葉赫、烏喇為最強。烏喇有雄兵強將數萬，其首領布占泰因參與九部聯軍侵犯活動，曾被建州當陣俘虜過。努爾哈赤為與烏喇結好，同意與其聯姻，從萬曆二十四年(1596)至三十六年(1608)的十二年間，建州與烏喇共有五起婚姻，其中與努爾哈赤有關的有兩起，即努爾哈赤娶布占泰侄女即其兄滿太之女阿巴亥為妻，努爾哈赤又將自己的女兒木庫石嫁與布占泰為妻。與舒爾哈齊有關的則有三起，他娶布占泰的妹妹滹奈為妻，後又將自己的女兒額實泰與娥恩姐嫁與布占泰為妻。這種政治聯姻，隻有在政治地位相當者中進行。從此可以看出舒爾哈齊與努爾哈赤的政治地位的相等情況。還有當時明人一直傳說的是，舒爾哈齊曾將自己的女兒嫁給遼東總兵李成梁之子、大將李如柏為妾，盡管清廷的官私書籍沒有記載，但無風不起浪，明人的記載並非捕風捉影，其可能性很大。這樣，舒爾哈齊對明朝的影響與作用更不一般了。

舒爾哈齊真正的地位與作用大小，還在於他對建州女真發展的卓越功勳方麵。由於他死於非命，他以前的赫赫戰功已多被掩蓋不錄，但僅是清官書上一鱗半爪的記載也足見他的卓著勳勞。萬曆二十七年(1599)努爾哈赤出兵進攻哈達，舒爾哈齊自告奮勇，請求為先鋒，於是率兵一千名奔赴前線。但清官書又說，他見到敵兵出城又退縮了，還是努爾哈赤苦戰奪下了哈達城。

這顯然是故意貶斥他，一個身經百戰之將領出征遇敵，尚未交戰就嚇破了膽，這簡直是在編造童話，是不可信的。此次哈達部的覆敗與舒爾哈齊戰功有關。萬曆三十五年(1607)，努爾哈赤令弟舒爾哈齊與長子褚英、次子代善及大將費英東、扈爾漢等，率兵三千前往東海互爾喀部蜚悠城迎接歸順的五百編戶，歸途中於烏碣岩之地遇到萬餘名烏喇兵的阻截，但終於被建州兵以少勝多，大敗其眾。此戰關係重大。

原來建州實力不如烏喇，此戰之後，建州實力遠遠超過烏喇。旁觀的朝鮮人也看到了這點，認為建州從此大盛，雄於諸部，致使遠近部落幾盡服屬。作為這次戰役統兵主帥的舒爾哈齊當然功居其首。但清官書又一再貶斥他，說他猶豫不決，與烏喇交戰時，率兵滯留山下，獲勝時又未曾掩殺大敵，又描繪成一個無所作為的膽小鬼。其實這又是作偽，因為戰後努爾哈赤在獎功論賞時，舒爾哈齊被授予“達爾漢巴圖魯”的稱號。

達爾漢是滿語神聖之意，而巴圖魯即為勇士、勇敢者之意。沒有傑出的戰功，何以授予如此美稱?這足見舒爾哈卉在烏喇的烏碣岩大戰中為建州的獲勝起了關鍵性的作用，足見他的功勳卓著。舒爾哈齊正是以自己的非凡功勳，在建州女真中占有不可動搖的重要地位。當然，由於他的功高勢重，已儼然與其兄努爾哈赤並駕齊驅成為建州的二主了。這不能不使努爾哈赤產生疑心，以致下定除掉他的決心。

舒爾哈齊自己也越來越感覺到其兄努爾哈赤對他的冷漠與威壓了。當烏碣岩大戰結束，舒爾哈齊受賞並進封美號的同時，努爾哈赤卻以他的部將常書、納齊布二人臨戰退縮，率兵一百陪同其主子舒爾哈齊在山下觀望並不殺敵之由，定為死罪。

這無疑是殺雞給猴看，打擊舒爾哈齊。舒爾哈齊心裏當然十分惱火，他堅決不同意努爾哈赤的決定，他奮起抗爭說：“他們是我指揮的，你殺掉他們二人，也把我殺死吧。”努爾哈赤隻好改判，免去二人死罪，但又施以重罰：分別罰銀百兩和收回全部所管轄的諸申(女真平民)。當然這對舒爾哈齊的打擊也是相當大的。

烏碣岩戰役之後，舒爾哈齊同努爾哈赤矛盾公開化了。他們兄弟二人矛盾如何展開，限於史料，不及其詳，但舒爾哈齊已實在不能容忍努爾哈赤的排擠，大概在萬曆三十七年(1609)初他赴京朝貢回來之後不久，便在長子阿爾通阿、次子阿敏、三子劄薩克圖及諸部將、僚友的建議下，憤然離開赫圖阿拉，移居渾河上遊的黑扯木(今清原北三家鄉黑石木村)，選擇地址，伐木造屋，另起爐灶，拉開了與努爾哈赤對峙的架勢。

努爾哈赤對此當然不能允許，他采取斷然措施。當年三月沒收了他的所有財產、部眾。逮捕並殺掉了他的長子阿爾通阿、三子劄薩克圖，向他提建議的族人阿薩布，又將其部將武爾坤吊在樹上用火活活燒死。其次子阿敏，由於皇太極等人的說情免遭一死，但其所屬人民也被罰沒一半。正在黑扯木經營的舒爾哈齊遭此打擊後神情惶惑。他在錯誤的棋盤上又走錯了一步：突然回歸赫圖阿拉向兄長謝罪，以求努爾哈赤念一奶同胞的情分給予寬容。努爾哈赤卻未因兄弟情分而模糊其政治視線，他毫不留情地將其囚禁，並吞其全部兵將。兩年後，沒有任何疾病的舒爾哈齊被其胞兄除掉，終年四十八歲。