1646年，魯監國和隆武政權相繼崩潰。此時東南一帶抗清勢力按地理位置分為兩大塊：在浙江沿海，最強的是黃斌卿；在福建沿海，則是潰散的鄭芝龍部下的將領。沿海地區還有眾多的海盜組織。實際上，許多明水師將領都是海盜出身，南明在浙江和福建的政府垮台後，他們相互間常常為爭奪好水手、基地和給養而爭鬥。
1646年（順治三年，魯監國元年）六月，魯監國朱以海在張名振等保護下乘船渡海到達舟山。駐守在這裏的肅虜侯黃斌卿借口自己是隆武朝廷所封，不承認魯監國的合法性，拒絕魯監國進城。魯監國在舟山群島上借住了兩三個月，無依無靠。
九月間，據守金門、廈門一帶的永勝伯鄭彩（鄭芝龍的族人）、定波將軍周瑞帶領舟師四百艘來到舟山，見魯監國處境困難，決定把他迎往福建。魯監國到達廈門的時候，鄭芝龍已經由安平赴福州博洛軍前投降，並派人通知鄭彩獻出魯監國向清廷請賞。鄭彩不願降清，就把魯監國藏了起來，另找一個相貌類似的人充當替身，叮囑部將如果鄭芝龍命人來抓魯監國，就把這冒充的人縊死，蒙混過去。幸好鄭芝龍到福州後很快就被清軍脅迫北上，顧不上捉拿魯監國，魯監國才得以在鄭彩軍駐地安頓下來。
鄭芝龍被誆騙挾往北京後，鄭氏舊部對滿清更加心懷疑懼。在群龍無首的情況下，鄭係將領一時分崩離析，自尋出路。鄭芝龍的老部將林察在福州即將失守時率兵保護隆武帝的弟弟朱聿鐭乘船逃往廣州，成為紹武政權的主要軍事支柱。
原先唐、魯對立的局勢不存在了，但由此針對監國魯王的新政權在東南沿海的抗清力量形成了新的黨派之分。鄭芝龍的弟弟鄭鴻逵、鄭成功和黃斌卿等人都以尊奉已經不存在的隆武朝廷為名，拒不接受魯監國的領導。不過，大多數幸存的文官武將和浙江、福建紳民都以魯監國作為抗清複明的旗幟。
唐王與魯王之爭（11）
1647年（順治四年，魯監國二年），清軍主帥博洛已率部返回北京，東南兵力薄弱。魯監國在福建福建領導了一些列抗清運動。這其中有勝有負，曾經一度形勢大好。但複明各派勢力之間的勾心鬥角，互相傾軋，終致坐失良機，使清廷得以憑借有限的兵力各個擊破。
舉個例子來說，鄭彩曾經因為支持魯監國而同鄭成功鬧翻，被魯監國封為建國公，但鄭彩支持魯監國的目的卻跟鄭芝龍支持隆武帝一樣，都希望能把持朝政。1648年（順治五年，魯監國三年）正月，鄭彩悍然擊殺大學士熊汝霖。義興侯鄭遵謙憤慨不平，鄭彩又命部將誘擒鄭遵謙，迫使他投海而死。魯監國對鄭彩的跋扈自雄、擅殺大臣極為不滿，但卻無可奈何。
1647年（順治四年）十一月，清廷派遣禮部侍郎陳泰為靖南將軍，率兵南下福建，配合浙閩總督陳錦的軍隊大舉反攻。魯監國此時內外交困，內部因為鄭彩排斥異己不能團結對敵，在泉州、漳州一帶活動的鄭鴻逵、鄭成功以擁戴不複存在的隆武朝廷為名拒絕同魯監國合作。從1648年三月下旬起，魯監國政權在福建所收複的州縣重新落入清軍之手。
魯監國在形勢惡化的情況下，於1649年正月移駐閩、浙交界的沙埕。六月，定西侯張名振收複了海岸要塞健跳所，魯監國得以在那裏重建他的朝廷。
而一度作威作福的建國公鄭彩因為鄭成功襲殺其弟鄭聯，占領了廈門（當時的名稱是中左所），向魯監國上表求救。
鄭成功為了擴大地盤，趁鄭彩引兵外出，帶領舟師向廈門進發。廈門此時隻有鄭彩之弟定遠侯鄭聯據守。鄭成功采納施琅的建議，以親親通好為名，先給鄭聯送去稻米一千石，要求鄭聯讓自己的軍隊登岸。鄭聯正因為缺糧發愁，又認為鄭成功畢竟是自家人，爽快地答應了。鄭成功軍到達廈門後，突然將鄭聯部士卒繳械，隨即捕殺鄭聯，鄭聯的部隊都被鄭成功收編。鄭成功吞並了鄭彩、鄭聯兄弟的兵將、船隻後，實力大大增強，從而改變了鄭芝龍降清後原鄭氏集團各自為政的局麵。
內訌的情況下，魯監國沒有出麵調停，他也沒有那個能力。而張名振深惡鄭彩其人，更是乘機擊破鄭彩餘軍。張名振此舉也是想與鄭成功結歡。鄭彩受此打擊後，一蹶不振，後來請鄭芝龍的母親黃氏代為疏通，希望能與鄭成功和解。鄭成功這才讓他返回廈門閑住，終老於該地。
健跳所實際上隻是浙江臨海縣瀕海的一個小地方，很難立足。魯監國及其隨從實際上經常住在船上，以防不測。到1649年秋，健跳所的糧食供應嚴重短缺，魯監國不得不放棄他在在大陸上的立足點。
1649年（順治六年，魯監國四年）九月，張名振以舟師護送魯監國移駐舟山。對於魯監國的到來，黃斌卿自然是極不情願。他借口自己是隆武帝封的官爵，不便接待魯監國，又“以地窄糧寡”的理由，表示難於供養魯監國屬下官兵和他們的家屬。張名振和黃斌卿本是兒女親家，但事情到了這個地步，就隻能用武力來解決了。張名振開始和他的部下密謀除掉黃斌卿；兵變發生後，黃斌卿被砍傷後沉入水中淹死，他的兩個女兒也投水而死。
魯監國終於在舟山站住了腳，重新整頓朝政。但這個時候魯王政權處於孤立狀態，除了采取守勢外，它最關心的問題就是如何生存下去。從這時起到1651年（順治八年、魯監國六年），舟山群島成為魯監國領導下浙東抗清武裝活動的中心，牽製了東南地區大量清軍，這為鄭成功部在福建沿海的擴展創造了有利條件。
從1649年（順治六年）開始，清方大搞策反活動，派奸細潛入義軍，借魯監國政權內部的不穩定因素煽風點火，由此產生了巨大的矛盾。由於意見不和，舟山一些將領先後離開，南下福建投靠鄭成功。
1651年（順治八年）初，在舟山又爆發了張名振同王朝先的衝突。王朝先原來在舟山受到肅虜侯黃斌卿的壓製，內心深為不滿，於是同張名振策劃了刺殺黃斌卿的行動。但之後魯監國隻對張名振信任有加，委以節製諸軍大權，王朝先又感到不公平，聲稱要公開宣傳襲殺黃斌卿的主謀是張名振。由於在舟山黃斌卿的舊部尚多，張名振惟恐導致內變，就先發製人，在1651年二月乙卯日早晨由阮進派健卒衝入王朝先帳中。“朝先未衣，奮奪刀，殺進數人，勢不敵，走閣部張肯堂邸，肯堂請避入內室。朝先顧身裸不肯入，反與進對仗庭中”，結果被追卒殺害。事後，張名振即將謀害黃斌卿的責任推到王朝先身上，說他“擅殺斌卿，忘誼不赦”。但是，事情並未因此了結，王朝先的部將張濟明、呂廷紀憤恨不平，逾牆墜城，奪得船隻駛往寧波向清總兵張傑投降，告以舟山虛實，願意充當響導。很快，清軍兵分三路攻舟山。張煌言和張名振力圖圍魏救趙，奉魯監國率軍北上攻吳淞。然而舟山卻遭到清兵的重兵圍攻而失陷。魯監國的大多數親屬和朝臣壯烈犧牲，其中許多人自盡。張煌言、張名振隻得率部航海至廈門，依附鄭成功。
由於鄭成功不承認監國政權，而在西南建立的永曆朝廷基本上得到了包括鄭成功在內的南明各方勢力的一致擁護。1653年三月，魯監國朱以海為了大局，也承認了永曆帝的正統地位，派使者上疏提出退位歸藩。永曆帝為了維護朱明王朝對東南地區的影響，仍然讓朱以海保留監國的名義。但這並沒有多大實際意義，福建沿海的抗清實力基本上控製在鄭成功手裏，魯監國隻是作為“寓公”過著寄人籬下的生活。
魯監國政權既然已經失去了自己的基地，飄泊無所，糧餉無源，客觀上形成投奔鄭成功的勢態。這樣，在魯監國的文官武將中就出現了分化，有的轉入鄭成功部下，如閩安侯周瑞等人；有的則以寓公自居。定西侯張名振和監軍張煌言始終隻願同鄭成功保持同盟關係。
唐王與魯王之爭（12）
鄭成功初見張名振，頗為輕慢。張名振袒背露出刺繡甚深的“赤心報國”四字，鄭成功這才肅然起敬。但鄭成功對張煌言卻一直相當敬重，曾稱讚他始終忠於魯監國“與吾豈異趨哉”。二張在依附鄭成功期間，始終保持著軍隊相對的獨立性，避免了被吞並的危險。但雙方的隔閡以至疑懼自然是難免的。
在中國一度不明確的混亂中，南明曾經不斷派人去日本招募兵士，以取得武器和戰爭物資。隆武帝曾經派人求助於江戶幕府，魯監國曾與日本中極有勢力的島津氏族聯絡，但日本人對這些請求都沒有給予明確的答複。