清軍占領南京後，立即派出使者招撫南直隸各府縣。絕大多數地方都懾於清朝兵威，納土投降。隻有楊文驄（即那位畫桃花扇的才子）帶領一支軍隊闖入蘇州，將滿清派來招撫蘇淞地區的黃家鼎等處斬。但楊文驄卻沒有組織當地紳民據城固守，而是在清軍來到之前退往浙江。
此時，清軍基本上已經控製了江南，就連多爾袞也驕狂地以為天下已定，下令多鐸等回師北京。但隨後導致長期的政局不穩以至生靈塗炭的卻是滿清的剃發令，這是多爾袞的重大失策。
多爾袞在接到攻占南京的捷報後，即遣使諭豫親王多鐸，命令“各處文武軍民盡令剃發，儻有不從，以軍法從事”。在民族危難關頭，江南各地的漢族紳民迫於剃發令，群情激奮，紛紛自發舉兵抗清。其中的一個地方就是上海與南京之間的美麗水鄉——江陰。它抵抗清軍達八十天之久。陷落的時候，有七萬多人死於清軍將領下令進行的血腥屠殺之中。
唐王與魯王之爭（3）
滿清委派的知縣方亨到江陰上任後，遵照清廷法令張貼布告，令百姓剃發。方亨叫書吏把府文寫成布告張貼，其中有“留頭不留發，留發不留頭”的話，書吏寫到這句話時，義憤填膺，把筆扔到地上說：“就死也罷！”消息很快傳遍全城，一時人人群情激憤。
方亨見士民不從，秘密報告常州府請上司派兵“多殺樹威”。這封密信在送出城時被義民搜獲，義民自發地將方亨逮捕，推典史陳明遇為首，以“大明中興”為旗號，自稱江陰義民正式反清。
陳明遇自感到缺乏軍事組織才能，在他推薦下，江陰士民將鄉居的原任典史（弘光時調升廣東英德縣主簿，未赴任）閻應元迎接入城擔負守城重任。
閻應元這個人因為江陰抗清而名垂青史，他之前名不經傳。後麵我們可以看到，無論從哪方麵來說，他都是一個相當傑出的人才，軍事才華遠在史可法之上。但就是這樣一個人才，竟然在明朝隻是一個小小的典史！由此也可見陳明遇此人的眼光不凡。
閻應元入城後立即把全城的戶口分別丁壯老幼詳加調查，挑選年輕力壯的男子組成民兵，會合鄉兵二十餘萬人分班上城，每個城垛十名，按時換班。由武舉人王公略守東門，汪把總守南門，陳明遇守西門，應元自任守北門。他和陳明遇兼負晝夜巡查四門的責任。對城中過往行人嚴加盤詰，肅清內奸。為了解決軍械糧餉供應，閻應元同紳民商議後，委任擅長理財人士負責把城內公私所藏物資分類征集，統一分配使用。在閻應元的領導下，很快就做到了人盡其才，物盡其用，各方麵的工作做得井井有條。
清兵聞訊後，隻派了三百人趕來鎮壓。可見清軍統帥多鐸根本沒有將江陰這個小城放在眼中。但隨後清軍三百人都被江陰義民殲滅於秦望山下，多鐸大為憤怒，派降將劉良佐領部兵數萬來攻。劉良佐即當初的江北四鎮之一，被弘光皇帝封為廣昌伯，結果清軍南下時不戰而降。
劉良佐率軍包圍了江陰縣城後，屢攻不利，一再派使者用弓箭射書信入城招降，甚至親自來到城下現身說法，要閻應元投降。閻應元在城頭痛斥劉良佐的背叛明朝，說：“有降將軍，無降典史！”劉良佐無言可對。
多鐸先派恭順王孔有德“率所部兵協攻”，接著又派貝勒博洛和貝勒尼堪帶領滿洲兵攜帶紅衣大炮前往攻城。這些紅衣大炮都是明朝之物。博洛來到江陰城下，認為劉良佐曾任明朝伯爵，手握重兵，卻連一個江陰縣城也攻不下來，一定是沒有盡心盡力，於是下令打了他一頓板子。劉良佐慚恨不已，督促部下拚命攻城。
守城的閻應元、陳明遇也鼓勵城鄉義勇扼守危城，並派徽商程璧等人出城聯絡各地義師來援，卻始終沒有得到江浙救兵。堅持了八十天後，清軍集中大炮轟擊城東北角，城牆崩塌，清軍蜂擁而上，江陰因此失守。陳明遇巷戰而死，閻應元負傷後投湖自殺，卻被清軍及時從水中拖出，因不肯投降遇害。
清軍屠城兩日後才“出榜安民”，城內百姓僅剩“大小五十三人”，大概有將近七萬人死於清軍的血腥屠殺中。當時人士寫了一副對聯讚揚江陰百姓的英勇犧牲精神：“八十日戴發效忠，表太祖十七朝人物；六萬人同心死義，存大明三百裏江山。”
《江陰城守後紀》的作者總結道：“有明之季，士林無羞惡之心。居高官、享重名者，以蒙麵乞降為得意；而封疆大帥，無不反戈內向。獨陳、閻二典史乃於一城見義。向使守京口如是，則江南不至拱手獻人矣。”在福州繼統的隆武皇帝聽說涇縣和江陰百姓的堅貞不屈，深為感動，說：“吾家子孫即遇此二縣之人，雖三尺童子亦當憐而敬之。”在江南各地望風披靡之時，閻應元、陳明遇以微末小吏的身份，憑借江陰百姓的支持，竟然麵對強敵，臨危不懼，堅持了近三個月，實在是南明史上光彩奪目的一頁。
與江陰百姓抗清同時，嘉定縣民也因清政府強迫剃發起兵。滿清委派的知縣頒布剃發令後，嘉定百姓憤憤不平，拒不從命。有人征詢著名鄉紳侯峒曾（天啟五年進士，弘光時任通政司左通政使）的意見。他毅然回答：“聞徐太史汧護發自裁，何不奮義？即不可為，乃與城存亡，未晚也。”就是說，他反對劉宗周、徐汧的隻顧自身名節的消極抵製，主張積極地起兵抗清。
於是侯峒曾帶領兩個兒子侯玄演、侯玄潔，進士黃淳耀及其弟黃淵耀入城倡義反清複明。他們同當地士紳會議後，決定率領百姓上城畫地而守，並城上樹立白旗，上麵寫著“嘉定恢剿義師”。
嘉定紳民起義反清後，清吳淞總兵李成棟立即領兵五千來攻。
李成棟原為高傑部將，曾任明朝徐州總兵。這個人是個極為複雜的人物，他的一生曆程很難用忠或是奸加以定奪，更難以用好或是壞來對他個人加以形容——“揚州十日”的大屠殺中有他為清兵賣力殺戮的前驅身影，“嘉定三屠”則完全是由他一人屠刀上舉發號施令而造成的慘劇，後來他還是擊滅南明諸帝之一隆武帝朱聿鍵的首功之將，是生擒紹武帝朱聿粵的不替功臣，又是滿清攻滅南明江浙，福建、兩廣廣大地區的第一功臣。但最不可思議的是，也恰恰是忽然之間，這個人良心發現，搖身一變，又成為南明永曆帝的不貳忠臣，與金聲恒、王得仁一起在南中國“反正”，重新成為明朝的“忠臣義士”，而且蹈死不顧，死而後已。促使李成棟反正的原因跟吳三桂引清軍入關如出一轍，竟然也是“衝冠一怒為紅顏”。這位曾經殺人不眨眼的三心二意的將軍最後竟能置安危於不顧，亂流趨敵，赴水而亡，被南明天子親口諡“忠烈”二字，贈太傅、寧夏王。他一生反複的大起大落，比吳三桂有過之而無不及。曆史原本就是一個神秘的作坊。關於李成棟，我們在後麵的篇章中還會有專文講述。
嘉定城在黃淳耀的領導下，重新用土石加固了城牆，並且派了一個密使前往在蘇州與鬆江一帶活動的複明分子吳誌葵那裏，請求立即給予增援。八天後，盼望已久的吳誌葵的援軍終於趕到了。然而，這支由蔡喬率領的隊伍隻有三百人，而且裝備極差，轉眼間就被李成棟的部隊攔截擊潰了。嘉定城的老百姓現在意識到，他們隻有完全依靠自己了。
唐王與魯王之爭（4）
侯峒曾、黃淳耀等人本來想借用城外鄉兵扼阻清兵。可是，四鄉鄉兵都是臨時組織起來的農民，根本沒有作戰經驗，人數雖多，實際上處於一種無序無領導的狀態，難以同正規清軍作戰。雙方才一交鋒，鄉兵就不戰自潰，“走者不知所為，相蹈藉而死”，許多人被擠入河中淹死，“屍骸亂下，一望無際”。
不過鄉兵經常能消滅一些小股的清兵，李成棟的弟弟就在鄉兵的一次伏擊中被殺死。李成棟惱羞成怒，親自率領全部人馬進攻城北的婁塘橋，大部分鄉兵都聚集在這個地方，於是有上萬的農民在這裏被殺死了。
三天後的黎明時分，在紅衣大炮的隆隆炮聲中，李成棟下令攻城。次日城破，侯峒曾奮身投入池中，被清兵拖出斬首，他的兒子侯玄演、侯玄潔同時遇害。黃淳耀躲進一座寺廟，在牆上寫下一段悲壯之辭後，上吊自殺。
出於野蠻的報複之心，李成棟下令屠城，清軍“家至戶到，小街僻巷，無不窮搜，亂草從棘，必用長槍亂攪”，一心要殺個雞犬不留。當時的慘景，有親曆者朱子素的《嘉定屠城略》作證：“市民之中，懸梁者，投井者，投河者，血麵者，斷肢者，被砍未死手足猶動者，骨肉狼籍”，一幅活的人間地獄圖。
就像揚州的情況一樣，婦女們慘遭強奸。如遇抵抗，這些前南明軍隊就用長釘把抵抗婦女的雙手釘在門板上，然後再肆行**。一頓殺戮過後，李成棟屬下又四處劫掠財物，見人就喊“蠻子獻寶”，隨手一刀，也不砍死，被砍人拿出金銀，前南明軍隊就歡躍而去；腰中金銀不多者，必被砍三刀，或深或淺，刀刀見骨。當時“刀聲割然，遍於遠近。乞命之聲，嘈雜如市”。大屠殺持續了一天，直到屍體堵塞了河流，大約有三萬多人遇害。這就是史冊上臭名昭彰的嘉定屠城。最後，這五千拖著大辮子的漢人清軍竟搶奪三百大船的財物，統統在李成棟的指揮下運離嘉定。
但嘉定城的劫難仍然沒有結束。李成棟大屠殺後的三四天，僥幸逃脫的嘉定的幸存者開始溜回城裏。中國人普遍有種強烈的鄉土情結。黃河邊的原住民寧可坐以待斃，也不原一喬遷他鄉；即使政府強令遷徙，沒多久，他們也會回來，不管當地多窮多苦。嘉定的紳民也是如此，他們回城後看到如此慘狀，立即在一個叫做朱瑛的義士領導下，重新集結起來，共兩千多人。朱瑛領導著幸存者們在這座殘破的城市展開了一場反屠殺運動，處死了歸降清軍的漢奸和清軍委派的官吏。
同時，在嘉定城外，一支被打散的鄉兵隊伍聚集在葛隆和外岡，他們一旦發現那些剃了發的人，就將這些人當場處死。李成棟的一支小分隊也被這群鄉兵殲滅。李成棟狂怒下派了一支大軍進入葛隆和外岡，屠殺了所有的居民。這兩個城鎮也被夷為平地。
李成棟任命的新縣令浦嶂為虎作帳，又領著李成棟軍士直殺入城裏，把許多還在睡夢中的居民殺個精光，積屍成丘，然後放火焚屍。浦嶂不僅把昔日幾個朋友婁複文等人整家殺盡，還向李成棟進言：“若不剿絕，必留後患！”清軍殺得興起，嘉定又慘遭“二屠”。據說，在“二屠”之後，嘉定的富人和窮人間已無區別。
二十多天後，原來南明的一個名叫吳之番的將軍率餘部猛攻嘉定城，周邊民眾也紛紛響應，竟在忽然之間殺得城內清兵大潰出逃。不久，李成棟整軍反撲，吳之番所率兵民大多未經過作戰訓練，很快就潰不成軍，吳將軍自己也提槍赴陳而死。李成棟軍第三次攻城，不僅把吳將軍數百士兵砍殺殆盡，順帶又屠殺了近二萬剛剛到嘉定避亂的民眾，血流成渠，是為“嘉定三屠”。
“三屠”留給這座城市是徹底的毀滅，以及不知道德為何物的寥寥幸存者。
無論如何，長江下遊地區的抗清運動減慢了清軍進軍的勢頭，從而給南方其他地區明朝抵抗力量的組織和準備贏得了時間。但是，很難說這會是明朝的轉機。