由於幾經戰事，這時的關中已經殘破不堪，秦都鹹陽被項羽放火燒了三個月，已成為一片瓦礫。
劉邦重入關中後，蕭何采取措施，協助劉邦收拾關中的殘破局麵。一方麵重新建立已經散亂的統治秩序，另一方麵對百姓施恩惠，以安撫民心。他不僅頒布法令，重新建立漢的統治秩序和統治機構，修建宮室、縣城等等。另外又開放原來秦朝的皇家苑囿園地，讓百姓耕種，賜給百姓爵位，減免租稅等等，他還讓百姓推舉年齡在五十歲以上、有德行、能做表率的人，任命他們為“三老”。每鄉一人；再選各鄉裏的三老為縣三老，輔佐縣令，教化民眾，免去他們的徭役，並在每年的年末賜給他們酒肉。
公元前205年，劉邦率軍進入彭城，把項羽的後宮美人及府庫財物全部奪得，並大擺酒宴慶賀。項羽聞訊後，率領精兵三萬人從齊地南下，與漢軍大戰於彭城靈壁（今安徽濉溪市西），楚軍把劉邦他們包圍了三圈。正在這時，西北風大起，連樹都被連根拔起了，砂石遮住了一切。乘楚軍大亂之機，劉邦才得以帶著數十騎逃回滎陽。這時關中的壯丁多數已被征發，蕭何便調撥老弱及不到服役年齡的少年到滎陽增援，韓信也收兵與劉邦會師，劉邦才得以重振旗鼓。
第二年（公元前2O4年），劉邦、項羽又在滎陽決戰。項羽用重兵圍城，劉邦被迫詐降，僅有數騎從西門逃出。這時，戰局危機係於一發。當時蕭何坐鎮關中，劉邦把關中事務全部托付給蕭何。蕭何主持關中，征發兵卒，運送糧草，供應漢軍；侍奉太子，製定法令規章，建立宗廟秩序。有關事項每次報給劉邦，劉邦總是同意，允許照辦。即使來不及報告，蕭何也可以根據具體情況執行，等漢王回來再作報告。劉邦幾次戰敗，棄軍逃跑，當時蕭何稍有二心，便可置劉邦於死地。可蕭何每次都征發關中兵，補足漢軍缺額。劉邦也因此得以重新振作，多次轉危為安。
公元前204年，項羽和劉邦兩軍對峙不下。劉邦卻幾次三番地派專使慰問蕭何，問寒問暖，使蕭何深感不安。有位鮑生看出劉邦的意圖，知道蕭何很納悶，就向蕭何進言說：“漢王出征在外，卻接連不斷地派人慰勞丞相，這是對丞相起了疑心。為丞相著想，不如多多地派遣您的子弟族人到漢王軍前效勞，漢王才會消除對您的疑心。”蕭何聽從了他的計策，劉邦果然非常高興。公元前203年，項羽也由於連年戰爭，陷入了兵盡糧絕的困境。而劉邦的部隊，卻由於蕭何坐鎮關中，不斷地向前方輸送糧食和兵力，形成了兵強糧多的好形勢。後來，劉邦越戰越強，終於逼得項羽兵敗垓下，自刎烏江。
公元前202年2月，劉邦即帝位，接著就論功行賞。5月，劉邦在洛陽南宮擺酒大宴群臣。劉邦問群臣：“你們都說實話，我為什麽能夠奪取天下？項羽又為什麽會失掉天下？”群臣所說不一。
最後劉邦說：“你們隻知其一，不知其二。運籌於帷幄之中，決勝於千裏之外，我不如子房（張良）；鎮國家、撫百姓、供軍需、給糧餉，我不如蕭何；指揮百萬大軍，戰必勝，攻必克，我不如韓信。這三個人都是人中豪傑，我能有他們，所以我能夠得天下。項羽隻有一個範增還不能重用，因此最後敗在我手中。”從上麵的這段對話中可以看出，劉邦認為張良、蕭何、韓信是他最得力的功臣，這三人被稱為“漢初三傑”。
後來，劉邦論功封賞時，由於群臣爭功，所以一年多也定不下來。劉邦最後定蕭何為首功，封他為ZAN侯，食邑也最多。很多功臣因此憤憤不平，說他們都身經百戰，而蕭何隻不過發發議論，做做文字工作而已，毫無戰功，為什麽他的食邑反而比我們多？
劉邦問大臣們：“你們知道獵狗嗎？打獵的時候，追殺野獸的是獵狗用來指示行蹤，放狗追獸的是人。如今諸位隻是能獵獲野獸，相當於獵狗的功勞。至於蕭何，他能放出獵狗，指示追逐目標，那相當於獵人的功勞。況且你們隻是一個人追隨我，多的也不過帶兩三個家裏人，而蕭何卻是全族好幾十人跟隨我，這些功勞怎麽能抹殺呢？”大家都無言可答。
諸侯分封完畢，接著是排位次。群臣都說：“平陽侯曹參身受七十餘處戰傷，攻城掠地，功勞最多，應排第一。”
劉邦已經壓過大家一次，重封了蕭何，對排位次的事也就不好再說什麽，不過他心裏仍然認為蕭何應該排在第一位。這時，關內侯鄂君說：“在楚漢相爭的五年中，陛下有好幾次都是全軍潰敗，隻身逃脫，全靠蕭何從關中派出軍隊來補充。有時，就是沒有陛下的命令，蕭何一次也派遣幾萬人，正好補充了陛下的急需。不僅是士兵，就是軍糧也全靠蕭何由關中供應，才保證了軍隊的糧食。陛下有好幾次敗退把山東都丟了，幸虧有蕭何坐鎮關中，陛下才能重新振作。這些都是創立漢家天下流傳後世的大功勞，怎麽能把像曹參等人隻是一時的戰功列在萬世之功的前麵呢！我認為；蕭何應排第一，曹參第二。”
這番議論，正中劉邦下懷，於是把蕭何排為第一，準許他穿鞋帶劍上殿，並封了蕭何的父子兄弟十多人。
劉邦即位後，便下詔罷兵歸農，讓士兵都回家種田、開荒。減免百姓賦稅。這時，定都的問題日益緊迫。劉邦暫居櫟陽，命令蕭何營建長安（今陝西西安西北）為都城。公元前199年，劉邦來到長安。蕭何正在建未央宮，建好了東闕、北闕（高大的宮門），又建前殿、武庫、太倉等，劉邦嫌宮室過於壯麗豪華，責備蕭何說：“連年戰爭，剛剛安定，戰爭的結局還不知怎麽樣，你為什麽修建這麽豪華的官室？”
蕭何回答說：“正因為天下剛剛安定，才好借機會多征發些人和物來營建富室，況且天子以四海為家，宮室壯麗才能顯出威嚴，也免得子孫後代再來重建。”劉邦這才轉怒為喜。西漢建都長安，曆時二百餘年，最早規劃設計的就是蕭何。
漢帝劉邦為鞏固政權，尋找借口陸續消滅異姓王。他見韓信功高望重，且握有兵權，就幾次借故削去韓信的兵權，最後降為隻有虛名的淮陰侯。
公元前197年，陽夏侯陳稀謀反，自立為王。劉邦親率大軍前去征討。當時韓信推說自己有病，沒有隨同前往。於是，韓信的一個門客求見呂後，告發韓信本是陳稀的知交，這次陳稀謀反，韓信是內應。準備在一天夜裏，假傳聖旨。把奴隸和犯人釋放出來，襲擊呂後和太子劉盈。
呂後一聽，認為事關重大，便秘密召見丞相蕭何。他們兩人商量出計策，由蕭何參加執行。第二天，蕭何就讓人去請韓信到相府赴宴。韓信自稱有病，婉言謝絕了。蕭何就親自到韓信府上，以探病為由，直接進入韓信的內室。韓信再也無法推辭，隻得與蕭何寒暄一下。蕭何說：“我和你向來是好朋友，請你去赴宴，是有話對你說。”
韓信忙問有什麽話。蕭何說：“這幾天皇上從趙地發來捷報，說征討軍大獲全勝；陳稀已經逃往匈奴。現在朝中的王侯，都親自進宮去向呂後祝賀。你自稱有病不上朝，已經引起人們的懷疑了。所以我來勸你同我一起進宮，向呂後道賀，消除人們的懷疑。”
蕭何說的話，讓韓信不得不信。所以就跟著蕭何來到長樂殿向呂後道賀。哪裏知道宮中早就埋伏好了武士，呂後一見韓信中計，喝令刀斧手將韓信綁翻在地。韓信見事情不妙，急忙呼叫：“蕭丞相快來救我！”哪知蕭何早就避開了。呂後不容韓信申辯，命令武士把他拖到殿旁邊的鍾室中殺死。隨後，又將韓信的父、母、妻三族一古腦地捕殺淨盡。蕭何輔助呂後，謀殺韓信，很符合劉邦鞏固政權的需要，為劉邦除去了一塊心病。