相傳在遠古時期，太陽神之子曼科·卡帕克在的的喀喀湖中的太陽島上現身。從此，位於秘魯和玻利維亞交界的喀喀湖就成為了印加始祖的誕生地。印加統治者自認為是太陽神的後裔，而皇帝則是在人間行走的神。印加人之所以崇拜太陽神是希望印加帝國在太陽神所散發出來的陽光的沐浴下不斷壯大，但是，像阿茲特克人一樣，印加人所崇拜的神靈並沒有保佑他們的帝國免遭滅頂之災，印加帝國神秘消失了。那麽，印加帝國為什麽神秘消失了呢?對此，有以下幾種觀點。

第一種觀點認為：西班牙殖民強盜比薩羅一夥用背信棄義和極端殘酷的手段征服了印加帝國。比薩羅深知必須擒獲印加帝王的皇帝，方可擄獲更多的金銀財寶，於是比薩羅和同來的西班牙籍神父商量後，邀請阿達瓦爾巴--印加皇帝前來卡薩瑪爾卡鎮，接受天使的蒙召。阿達瓦爾巴帶著2000名壯士，手無寸鐵地誠心接受召見，誰知竟然遭受監禁的命運。比薩羅囚禁了皇帝，便將所有珍寶集中，並冷酷地殺死皇帝，以除後患。

第二種觀點認為：印加人民自己做了遷移。印加人民自知抵抗不過刀劍銳利、心思狠毒的西班牙人，於是用竹筏載滿國王的木乃伊，和國內所有的金銀財寶，經向上天祝禱過後，把這些昂貴的寶物沉到250公尺深的的喀喀湖中。

第三種觀點認為：印加帝國的滅亡在很大程度上是自身的因素。例如，多拿卡巴克王死前，把印加帝國分為兩部分，傳於瓦斯卡爾和阿達凡爾巴兩個兒子統治，但是1532年，這兩兄弟卻反目成仇，於是，互不相讓和戰爭種下了自取滅亡的禍因。

還有一些學者根據印加人的記錄，大膽推測當時印加帝國雖然擁有高度文明，但卻被突襲而來的恐怖瘟疫橫掃全國。然而就算是發生瘟疫，難道當時的西班牙人具有免疫力?即使印加人認命了，紛紛向瘟疫低頭，垂首等死，試想1100萬的人口，如何能消滅殆盡?

關於印加帝國神秘消失的原因眾說紛紜，這還有待曆史學家、考古學家們集思廣益，為它尋求一個正確的解釋!