從18世紀起，牛頓開始被認為是現代首屈一指的偉人，一位理性主義者，一個教會我們在冷靜的和純粹的理性路線上思考的人，牛頓的名字一直是科學的代名詞。18世紀偉大的詩人亞曆山大·薄柏總結了世人對牛頓的評價：自然和自然規則在黑夜中躲藏，主說，讓人類有牛頓!於是一切被光照亮。這句詩銘刻於牛頓的墓誌銘上。
但是，牛頓的真實麵貌其實並不完全像我們在腦海中習慣想象的那樣。一切都源於一個神秘的箱子——牛頓的“黑匣子”，這個大箱子裏，保存著曾占據和完全吸引著他那顆熱情和智慧心靈的東西到底是什麽的證據。那裏麵保存著數以百萬字的他未發表過的著作。這些是牛頓在整個一生中艱難地隱藏著的秘密。
在他死後，有人試圖了解這個塵封的秘密。畢肖普·霍斯利奉命檢查過這個盒子，並希望出版盒子裏那浩如煙海的作品，可是他看了盒子中的內容後，驚慌失措地把盒子蓋上了。
loo年後，戴維·布魯斯特再次查看了那個盒子，但他選擇了小心地摘錄和用幾個嚴肅的小謊言完全掩蓋了所有的蛛絲馬跡。因為盒子中那100萬字以上的鴻篇巨製，對我們的現實和科學來說幾乎是沒有任何意義的。
牛頓當時潛心研究的是長生不老藥、基本金屬向黃金轉化的可變性。正像劇作家喬治·伯納德·肖在戲劇《在好國王查理的黃金歲月》中，放入牛頓口中的話一樣，劇作家借角色表達了牛頓的心聲：“有如此多更重要的事情需要去做，物質的轉換，長生不老藥，光與顏色的魔術，壓倒一切的是聖經的隱義。當我集中思想專注於這些時，我發現自己漫遊開去，進入到沉思無窮係列數目的閑散遊戲中，並將弧分成不可分的短三角形邊。多麽愚蠢!多麽大的時間浪費，無價的時間!”
秘密著作的另一大部分是他推想和求索的宇宙的秘密真相——所羅門神殿的力量、啟示錄、丹尼爾之書和關於教會曆史的數百頁論述。
文獻還表明了牛頓對煉金術的癡迷。在1650年左右的那個年代，以出版商庫珀為中心的人在此後的20年裏複興了對15世紀英格蘭煉金術的興趣。在劍橋圖書館中也有著相當數目的這樣的手稿，而且在那20年裏，牛頓沉溺其中。這恰好是他構思《原理》的幾年。他全身心地投入，試圖解讀傳統留下來的疑團，並留下了至少10萬字的實驗記錄和手稿。在這些奇特的研究中——牛頓一隻腳在中世紀，一隻腳為現代科學踩出一條路一度過了他人生的第一階段，在劍橋三一學院的生活時期。其實。I牛頓在劍橋三一學院的早期生活裏就已經拋棄了正統的信仰，他完全反對古代權威的解釋，而認為“三位一體”的教義應該是後來偽造的。為此還寫過廣泛的反三位一體的小冊子。他對這種異端的持有，更加劇了他的沉默和性情的內傾。
看他那時的研究，所有人都會認為牛頓不是理性時代的第一人，而是魔法家中的最後一個。他的天性玄奧、隱秘，又有著深深的神經過敏，他的後繼者惠斯頓把他評價成：“我所曾知道的最懼怕、小心和多疑的性格之一。”所以他疏遠女性，終身未娶。
直到《原理》的出版，才使他的習慣和生活方式有了一個徹底的改變。他的朋友們認為他必須從三一學院的生活中拔出腳來，否則它會很快讓牛頓走向精神和健康的衰落。在朋友的勸說和自己的努力下，牛頓終於拋棄了他的那些魔法研究，從事了一些高貴、有酬的職業——比如皇家學院院長、憲法院教職、造幣廠設計員等等。
當他的生活轉折點到來之後，他才把他的魔術之書放回盒子，也同時把17世紀扔在身後，演變成傳統的18世紀形象。魔法已盡忘，他成為了理性時代的智者和君王。正統的伊薩克·牛頓爵士已遠離了誕生於17世紀的孩童魔法，成為我們傳統中認為的18世紀的伊薩克爵士。
但是，也請相信，秘密的異端和迷信，曾是牛頓一生的研究。當然，這並不是說他不偉大。正如著名的經濟學家凱恩斯所說：“請不要在此猜想我今日的目的是通過描寫來貶損劍橋最偉大的兒子。我正努力寧願像他自己的朋友和同代人看他那樣去看他。他們毫無例外地視他為最偉大的人物之一。”