與此同時，身登高位的趙高也正在肆無忌憚的鏟除異己，獨攬大權，漸漸的，他開始覺得李斯的存在很礙眼，於心中計劃著除掉對方的辦法。
經過一段日子的“新政策”試驗，李斯終於發現自己的構思完全錯了！天下不僅未平，反而更亂！法家的思想看來已經救不了秦王朝了，李斯開始以一個正常人的眼光看這個天下，最終覺得，還是隻能像儒家大臣那樣，去請皇帝削減開支，中斷建築，釋放勞工，給老百姓們一些休息的機會，而就在這時候，趙高找上了門。
趙高：丞相啊，現在天下大亂，皇帝成天泡在後宮。阿房宮等大型建築還在源源不斷的消耗人力物力，國庫的開支很多都被拿去享樂，搞一大堆於國無用的東西，趙高人小言微，丞相您怎麽不去勸諫一下啊？
李斯：哎，我也一直想勸啊，但我每次去覲見之時，皇帝都在後宮沒出來，我怕硬是把陛下從後宮裏吵出來，陛下會對我憤恨而不聽啊。
趙高：那沒問題啊，皇帝身邊有我的人，我就專門幫您看著皇帝閑暇之時，給您通信您再去。
李斯：好了，那就拜托你了。
趙高：OK
就這樣，趙高與李斯約定，在胡亥閑暇的時候去通知他。趙高會言出必行嗎？笑話！趙高專門乘著贏胡亥剛剛進入後宮，和眾MM們進入狀態之時，通知李斯皇帝有空。接果，就在胡亥正在**的時候，宮女通報，丞相求見……
丞相求見，總不能不給麵子是吧？於是胡亥就隻能提起褲子，出去聽李斯對自己嘮嘮叨叨一大堆廢話，然後再回去繼續……事情過後李斯還不知道自己被忽悠了，趙高接接二連三的給李斯通報假消息，李斯每次都按時去吵胡亥，胡亥每次都要提起褲子……久而久之，胡亥就對李斯這老不死的產生了憎恨之意！
一次，胡亥對趙高抱怨，自己平時空閑時候挺多的（對胡亥來說，的確是“挺多”的……），結果李斯那老家夥每次都在自己正“忙”的時候出來打擾，你說他是不是專門想捉弄老子啊？趙高一聽，曉得火候已到，於是立馬惶恐不安的對胡亥說，“沙丘之謀的時候，陛下是公子，李斯是丞相。現在陛下是大王了，李斯還是丞相，沒有得到好處，他內心不服啊！陛下您想想，中原的盜匪為什麽那麽猖狂？就是因為李斯的長子李由是三川郡守，手握重兵，在中原盜賊橫行的時候，李由裝作剿匪不力，其實是想養寇自重，一直跟盜匪們有書信來往。而且我還聽說陳勝他們其實都是李斯的幹兒子，他想搞得天下大亂，好乘機實施他的陰謀啊！”嬴胡亥聽完大驚！開始感到恐懼，於是他一麵跟趙高商議對策，一麵開始暗中派人去調查李斯父子跟中原“盜匪”們的來往行跡……
自己被人暗中調查，混了幾十年官場的李斯立刻發現了不對勁。胡亥為何調查我？難道有人在暗中栽贓麽？於是李斯立刻動用了自己在朝廷內的龐大關係網，迅速作出了反調查，最後發現，原來一切都是趙高那家夥搞的鬼……
“好啊，你小子這些年來排除異己，官是越做越大，現在連老夫都想搞掉了啊……哼哼，老子當初鏟除政敵的時候，你他喵還是個蛋呢！”得知對方陰謀後的李斯，立刻製定計劃，預備利用自己的影響力，對趙高展開政治上的反擊！
李斯所謂的政治反擊，就是聯合一大批官員，上書奏章，訴說趙高的各種罪證，讓皇帝將其罷免，以除公憤！這招在中國官場史上的大多數時期都是挺管用的，因為皇帝不可能為了區區一個人，而令滿朝文武心寒。可是，胡亥他是一般的皇帝嗎？
此刻的胡亥早已失去了對李斯的信任，他見李斯鼓動這麽多人來對付趙高，反而更加懷疑李斯是想鏟除異己，然後謀反叛亂。所以每當李斯鼓動群臣上奏時，胡亥就不斷的跟李斯打哈哈，說趙高是他很信任，他不會怎麽怎麽樣滴，丞相多慮了什麽什麽之類的……
李斯見胡亥不答應，就繼續勸，繼續諫，有他沒我，有我沒他，老子就是要讓趙高滾！李斯自恃自己兩朝元老，位高權重，秦二世不敢隨便處置自己的言論，所以不斷給胡亥施壓，強迫他下定決心！在李斯的強壓下，胡亥有點頂不住了，於是他又去找趙高商量。
胡亥：李斯那老家夥硬是要做掉你，怎麽辦？
趙高：這是李斯陰謀的第一步，先做掉我，下一個就是你了！
胡亥：……（思索）
趙高：……（沉默）
胡亥（下定決心）：我知道該怎麽辦了！
過了一陣，眼見中原地區的“盜賊”愈發猖獗，之前戰無不勝的章邯都吃敗仗了。於是李斯急了，趙高的事情先放一旁，國家大事優先。於是乎，李斯以左丞相的身份，連同右丞相馮去疾（秦代以左為尊，左丞相權勢比右丞相要大），將軍馮劫三人共同進諫，提出減少稅收，免去部分人力征調，停止阿房宮等大型建築建設之類的種種措施。
這三人可以說是當時朝廷之上，趙高以外權勢最大的三人，他們自己心裏知道自己此來是一心為國，可在秦二世胡亥的眼裏，他們三人是聯合起來逼宮的！一旦自己答應了他們的條件，他們下回就會提出更多的條件，一步步除掉忠於自己的人，最後……你懂的。
“稅收，徭役，阿房宮，這些都是先帝設定的！”胡亥對著自己眼前三人大吼道，“現在盜賊四起，還不是你們這些大臣不給力！你們自己無能就算了，又想敗壞先帝的政策，要你們這些人有什麽用！來人，將李斯等三人下獄！”
右丞相馮去疾和將軍馮劫二人見皇帝昏庸到了這步田地，國家是無救了，於是很幹脆地抹脖子自殺，而李斯則不肯放棄最後的希望，乖乖進入牢中，然後再牢裏上疏，表明自己的心跡，重提自己的功勞，希望嬴胡亥看了之後能良心發現，有所作為。
“一個囚犯怎麽有資格上奏！”牢中獄卒當場將竹簡扔進爐中。嬴胡亥讓趙高全權調查李斯的案子，牢獄中都是趙高的人，李斯的奏章怎麽上的去？不過按照規矩，李斯這種級別的重犯在判刑前，是要由朝廷派禦史來錄下最後一次口供的。也就是說，李斯還有最後一次機會將自己的話語傳達給嬴胡亥。要知道，李斯當年可是大秦第一辨士，口辯之術無人能敵，想當年嬴政下達《逐客書》，要把非秦國本土的人物全部逐出朝堂。結果李斯一道《諫逐客書》上去，硬是將《逐客書》給頂了回去，並且從此得到了嬴政的重用，一步一步的爬到了丞相大位。這次李斯又準備來一場大諫，他開始在獄中慢慢謀劃著……
李斯能言善辯，這個趙高也是知道的，既然他的話一定會被胡亥看到，那就讓他自己說出對自己不利的話吧，趙高用他天才的頭腦想出了一招令老朽拍案叫絕的辦法：
先讓人假扮成胡亥派來的禦史，侍中等人，前去錄李斯的口供，等李斯把自己準備好的滔滔大論全部說完後，再表明身份，“小子，你認錯大爺我了吧，哈哈哈哈……”對李斯嘲弄折磨一番後走人。之後再派人假扮，再把李斯的話錄完，再表明身份嘲弄一番，再走人……就這樣一招，不斷的重複N次，重複到李斯看見有“禦史”來了就直接說，“行了行了，我是叛臣，內奸，我兒子包庇賊寇，陳勝項梁都是我幹孫子，老子一直密謀造反，好了錄完就滾吧，老子還要睡覺呢……”最後，真正的禦史來到獄中，將李斯的這番話給記了回去，胡亥一看，好險啊，原來李斯這老不死的真是想某朝篡位……
就這樣，李斯這邊是搞定了，另外派去調查三川郡守李由的使者也回來了，交上了一份李由通敵的證據。搞笑的是，當時的李由已經被劉邦項籍二人聯手給殺了，通敵通到被敵人宰了的地步……真是太有技術含量了。
就這樣，李斯的罪名是定下來了，他被判以腰斬之刑，由儈子手從腰部將人砍斷，砍斷之後人還不會立刻死亡，還能夠慢慢欣賞自己的腸子內髒從腰間流出……據說清代大臣俞鴻圖在被腰斬後，用自己的血在地上寫了七個“慘”字方氣絕身亡，震驚天下，此後腰斬刑法才被廢除。
腰斬的不止是李斯一人，他的“三族”（父族，母族，妻族）也一起陪他上邢台。臨死前，李斯對自己的二兒子說，我現在多想跟你一同回到老家，牽狗騎馬，出東門山上去獵兔子啊……如果當年李斯不將丞相這個位子看得那麽重，拒絕趙高開出的價碼，他又怎麽會落到而今這步田地？因為一己之私，敗壞江山大業，李斯雖有小功，不掩大過，腰斬之刑，甚合宜哉。
李斯死後，胡亥任命趙高為中丞相（中丞相是秦二世自創的個新官，相當於左右丞相合起來的權利），一切大小事務聽他決斷。不久，趙高命人牽一批小鹿進入朝廷，說是一匹名馬，胡亥大笑，說那隻是一隻鹿，趙高堅持要說是馬。群臣也有的說鹿，有的說馬，趙高暗中記下說鹿的人，日後用各種各樣的理由一一除掉，從此大秦朝廷，正式沒入了昏天黑地的幽暗之中……
這一年，距離秦亡僅剩一年！