康熙六年(1667)，他十四歲了，根據順治皇帝十四歲親政的先例，康熙終於盼來了親政的這一天。七月初七，滿朝文武在太和殿舉行了隆重的親政大典。他身著龍袍、頭戴皇冠，躬親大政，文武百官上叩行慶賀禮，宣詔天下。從此可以親理政事了。
但是事情遠沒有那麽簡單，鼇拜擅權的問題並不是他親政就可以立即解決的。就在康熙親政後的第六天，康熙端坐在乾清門正殿的寶座上，對群臣說：“朕常想效法列祖列宗，能使天下詣，萬民安樂業。但朕自知年幼，德薄望淺，實感力不從心。望列位愛卿暢所欲言，各抒已見，出謀劃策，多為朝廷建功立業。言者一律無罪。”
眾大臣聽了，立即響起子一片“我皇聖明”、“臣願為皇上鞠躬盡瘁、死而後已”的歡呼聲。康熙皺了皺眉頭說：“我不是要聽你們這些話啊!我是希望可以聽聽眾卿治國方策的具體意見。”他將目光慢慢地掃過文武百官，忽見蘇克薩哈趨前一步跪奏道：“皇上，微臣這
裏有一份奏折。”說著將奏折呈給皇帝。隻見上麵寫道：
“臣才庸識淺，蒙先皇順治帝眷愛，在遺詔中列臣於輔政。臣本欲竭力圖報。但一、二年來，身染重疾，不能始終在皇上麵前效力。這都是不可饒恕的罪過。皇上現已親政，我懇求皇上允許臣辭掉輔臣職務，前去看守先帝的陵寢，留我一條活路，感恩不盡。”
康熙感到很詫異，怎麽我才親政幾天，這老頭就要辭職不幹?於是問道：“朕有所不解，在朝何以不得生，守陵何以得生?”
蘇克薩哈斜眼望了一下鼇拜奏道：“卑臣有苦衷，一言難盡啊。”
康熙無奈之下隻好下旨道；“卿既然如此說，就交議政王會議審議明白後，朕再作處理。”在蘇克薩哈看來，皇上親政了，就應當廢除輔政，長期以來，他早已對鼇拜的擅權感到心憂，他名列輔政第二，想通過自己帶頭退出輔政之位，從而可以逼迫鼇拜、遏必隆也同樣退出輔政之位，解除對皇上的威脅。可是他的一片苦心，既不為皇上所理解，也感動不了鼇拜，反而激起了鼇拜的恐懼和憎惡。因此一幕誣陷蘇克薩哈，並且趁機將其消滅的悲劇終於發生了。鼇拜精心策劃操縱議政王大臣會議，上下齊手，顛倒黑白，給蘇克薩哈羅織了二十四條罪狀，決定將其本人及其長子淩遲處死，其餘家族斬首，財產沒收。在審定蘇克薩哈問題的禦前會議上，康熙見此奏折大吃一驚，立即感到這是鼇拜對蘇克薩哈的惡意陷害，堅決不同意議政王大臣會議的這一錯誤決定。可是這時的議政王大臣會議已被鼇拜操縱，大多數是他的爪牙，少數人有不同的政見也不敢公開反對，會議最後的決定是把蘇克薩哈殺頭了事。
可憐蘇克薩哈本欲成全康熙，解除輔政，安度晚年，結果反而使一家人成了一個個無頭冤鬼，並沒收了家產。這時康熙親政才有十多天。
鼇拜自從強迫康熙殺掉蘇克薩哈後，就馬上推說有病，一直在家養病不上朝，康熙也明知他是假裝生病，但是為了穩住鼇拜，他還是親自登門探望。從此鼇拜也就自以為康熙不敢對他怎樣，於是更加放肆了，以首席輔政自居，凡事上奏自動列於遏必隆之前，一切政事先同自己的黨羽於家中議定，以後甚至幹脆將部院大臣召集在自己的家中會議。凡有人不經過他直接奏給皇上的，立即加以迫害。對康熙決定的事，凡不符合他的意願的立即加以阻撓，儼然以太上皇自居。康熙也是隻裝著不知。不久，還親自下詔加封鼇拜、遏必隆為一等公。而實際上康熙正悄悄實施他自己的計劃；第一，他從各王府中精選了幾十名年紀和自己差不多的親王子弟，叫做“哈哈珠子”，由索尼次子索額圖負責建立了一支“布庫”隊伍。為了訓練這支隊伍，另外還請了武林高手做他們的教練，終日練習拳擊武藝，形成一支忠實可靠的衛隊，以後正式建製，就稱作善撲營。第二，康熙為振奮正直大臣的情緒，有時也針鋒相對地與鼇拜頂一頂，但更多還是麻痹鼇拜。
歲月悠悠，康熙不動聲色，忍辱負重，經過將近兩年的準備。這時，“布庫”隊的“哈哈珠子”的撲擊拳術也已練得非常嫻熟，具有相當高的水平了，最後除鼇拜的時機成熟了。
在康熙八年(1669)四月、五月間，經過康熙的周密安排，以各種名義將鼇拜的主要黨羽、得力幹將一個個全部差出京城，以削弱其勢力。對鼇拜下手這一天(康熙八年五月十六日)，康熙還親自做了動員，由索圖額作了具體部署，然後傳旨召鼇拜進宮議事。
鼇拜大搖大擺地進宮來了。他左右瞥了一眼，隻見康熙禦座兩旁站立著一些精神抖擻的各王府少年弟子，並未有一個王公大臣在場，覺得氣氛與往日有點不同。但他平時驕橫慣了，並不把康熙放在眼裏，更不把這些少年放在眼裏，他和平常一樣，大聲問道：“皇上召臣何事?”
康熙端坐在禦案後，冷冷的問道：“事到臨頭，你還不知罪?”
鼇拜聽了，大大出乎意料之外，瞪大眼睛蠻橫地反問道：“臣何罪之有?”
“哼!自朕即位以來，你欺朕年幼，背棄先皇重托，專權驕橫，結黨營私，擅殺大臣，恣意妄為，欺君罔上，罄竹難書，還說無罪?左右給朕拿下!”
話音未落，隻見一少年應聲躍出，直衝鼇拜而去，緊接著，其他布庫少年乘機蜂湧而上，鼇拜寡不敵眾，終於被打翻在地。
康熙接著派人把遏必隆等鼇拜黨羽一一捉拿。事情辦完後立即召開議政王大臣會議，宣布鼇拜罪狀，滿朝文武，人心大快。最後經議政王大臣會議審訊，鼇拜應革職立斬，遏必隆也應革職立斬，但康熙作了寬大處理：鼇拜“革職藉沒，免死仍行的拘禁”，遏必隆削去太師及後加公爵，免死，其原有一等公，仍準他兒子世襲。處死刑的僅限於劣跡昭彰的班布爾善等九名死黨。
康熙對鼇拜及其黨羽的處理，分別情況，罪惡輕重，區別對待，法外施仁，體現了很高的政策水平，有力地保持了政局的穩定。許多被寬大處理的大臣感激涕零，終身不忘，後來許多成了康熙得力輔臣。
康熙牢牢掌握了朝政大權後，立即著手整頓政治、經濟、軍事。康熙朝開始出現了前所未有的新氣象，也為平定“三藩”準備了充分的條件。
小小年季就懂得分析時勢，有勇有謀，該忍則忍當發則發。康熙的非凡之處便在此體現出來。一個能為帝王者，一個能開創一段輝煌曆史的人物，他的身上的確有與常人不同的長處。
平定三藩
康熙十二年十一月二十一日(1673年12月28日)雲南昆明，已經荒涼了十多年的南明永曆皇帝的陵場，忽然出現了一幕非常悲壯的場麵。大約有上千名的士兵全副武裝，全部身著白色明朝軍服整齊排列在墓前。就連在寒風中漫卷的軍旗也全都是白色。三軍前麵，一位身著白色蟒袍、玉帶，頭裹一幅白色方巾的領袖樣的人物，全身上下也全都是明朝打扮。在永曆帝陵前擺滿了牛羊三牲祭品，他親自獻酒磕頭祭拜，一麵淒聲號泣，口呼“萬歲，臣對不起你!”一麵捶胸頓足，擺出一副痛不欲生的樣子。在場的一個個士兵也似乎被這悲傷的場麵所感動。
這到底是發生了什麽事呢?原來那身著白色蟒袍玉帶的人，就是明末引領清兵入關，鎮壓李自成取代明朝江山的吳三桂。這時他假惺惺地祭奠前明先帝，實際是為他公開反清自立為王所作的醜惡表演。
吳三桂叛變後，廣西將軍孫延齡、靖南王耿精忠、吳三桂的黨羽雲南提督張國柱、貴州提督李本深、四川提督鄭蛟麟等，也紛紛豎起叛旗，歸附吳三桂。數月之間，長江以南不是為叛軍所占，就是，處於戰火紛飛之中。此時康熙才20歲。
到底吳三桂等人為什麽要叛變?為什麽在這時叛變?話還得從康熙撤藩說起。
所謂“藩”就是指“藩王”，主要是當時鎮守雲、貴一帶的平西王吳三桂，鎮守廣東的平南王尚可喜，鎮守福建的靖南王耿精忠，三王合稱“三藩”。在順治帝在位時，由於他們都是清朝的開國功臣，清軍又是剛剛入關，力量不足，全國還不穩定，因此很器重和遷就他們。可是時間一長，他們就慢慢不把皇帝放在眼裏，全部擁兵自重，割據一方，成為強大的地方割據勢力，對清朝的統一構成巨大的威脅。康熙親政後，感覺到了三藩問題的嚴重性，於是在康熙二年，以“天下大定”為由，收繳了吳三桂的大將軍印。其後，康熙四年、六年分別裁減了吳三桂的5000綠營兵和一百多萬兩餉銀。康熙六年發布諭旨，嚴禁廣東、福建等南方各省官員經商盤剝，與民爭利。這一切，“三藩”當然也有所感覺，特別是吳三桂更加敏感。為此他在康熙六年五月，以眼睛不好為名，試探性地呈請辭退總管雲貴兩省事務。豈知，康熙立即批準，其大小官員亦照例由吏部委任。
康熙十二年(1673)二月，平南王尚可喜與他的長子尚之信不睦，向皇上請求帶兵丁歸養遼東海城，又建議由他的兒子繼承平南王位，可這一絕好機會康熙那肯放過。隨即於三月二日，以“廣東底定，父子宗族不宜分離”為由，命令尚可喜帶領所屬兵丁，家屬成員，包括長子尚之信全部撤回原籍。過段時間，康熙便決定撤除三藩。他分別派遣吏部右侍郎折爾肯、翰林院學士傅達禮去雲南，戶部尚書梁清標赴廣東，吏部侍郎陳一炳前往福建，會同當地的總督、巡撫、提督，處理各藩撤兵起行事宜。
折爾肯、傅達禮兩人在康熙十二年(1673)九月到達雲南。吳三桂見永鎮雲南的幻想破滅。便立即快馬飛報靖南王、平南王，決心要以武力反叛朝廷。於是，三藩之亂的場景開始了。
吳三桂公開叛變後，以雲貴兩省為根據地，馬上領軍北上，一路由雲南攻取四川，一路由貴州東進，直取湖南。叛軍所至之處，無人敢當，很快湖南常德、長沙等四府一州相繼失陷。四川、廣西、湖北襄陽皆樹起叛旗，響應叛軍，起而反清。那時廣東的尚可喜暫時按兵未動，而福建的耿精忠聞訊後立即起兵，糾結叛軍十餘萬，囚禁福建總督範承謨，自稱總統兵馬大將軍，控製福建，分三路出擊江西、浙江。至此，江南六省盡陷。吳三桂移駐湖南，親赴督戰。一時中原動搖，京師震恐，沿江駐防清軍，都不敢與其交鋒。
吳三桂公開反清後，滇黔湘蜀的叛軍紛紛響應，參加叛亂的各省總督巡撫提督總兵等地方大員達26人，其中有20人為明朝的降將，共約4萬餘人，一時間叛軍的聲威大震。
康熙為了把戰事控製在雲貴湖廣範圍內，作了周密布置，中路和先鋒靖寇大將軍勒爾錦率領八旗精兵扼守荊州，控製住叛軍北上的咽喉之地，以此來穩定人心。同時派兵星夜馳赴常德、嶽州以阻叛軍北犯和東進。另派兵固守廣西，相機分進合擊。
康熙以陝西、甘肅為西線要地，派赫業為安西將軍，率軍由漢中進入四川，派席卜臣為鎮西將軍進駐西安，經略陝西，接應入川部隊，防止吳三桂軍由西北而進窺北京。
雖然前線各省形勢非常緊張，後方人心也有所浮動，但是康熙生活起居，仍一如既往，幾乎每日都到景山散步或外出騎射。他認為：身為國主首先就是要冷靜沉著，才能安定人心。若驚慌失措，人心一定會動搖，導致引起意外事故。吳三桂原以為康熙年輕，沒有指揮行動的能力。當他了解到康熙計謀深遠的軍事部署後，也不得不歎服。
但畢竟是吳三桂老謀深算，他深知南方六省雖陷，其實並不穩固，加之康熙指揮的各路大軍壓境，輕易過江，現在未必能穩操勝券。特別是他的子孫尚在京師做人質，萬一趕盡殺絕，肯定無一能生還。考慮再三，他終於決定通過與朝廷談判，要求放回在京的子孫，然後劃江而治，領有江南半壁河山，與清廷分庭抗禮。於是，他給康熙一份奏章，表示和好罷兵。康熙看了奏章，非常氣憤，為表明平叛的決心，下令立即處死吳三桂的兒子吳應熊和孫子吳世霖。同時重新部署軍隊，加強中路討伐吳三桂的攻勢。對陝西提督王輔臣的叛亂，則采取剿撫並用的策略，王輔臣在康熙十五年(1676)向清軍投降。從此，陝甘平定。
陝甘平定後，康熙決定首先解決福建問題，同樣采取剿撫兼施，恩威並施的策略。他認為耿精忠不同於首倡叛亂的吳三桂。所以一麵經常派人前往耿部招撫，一麵加強軍事進攻力量。適值此時台灣的鄭經乘機占據了福建的漳州、泉州等七府，耿精忠後方空虛，兩麵受到夾擊，被迫歸降清朝。康熙下令恢複耿精忠靖南王的爵位，隨軍征剿吳三桂，立功贖罪。
駐守在廣東的平南王尚可喜，對朝廷一直忠心不二。康熙特別嘉獎他“性篤忠貞”，還提高了尚可喜的職權，並封他為平南親王。尚之孝為平南大將軍，尚之信為討寇將軍協助剿叛。可是在康熙十五年(1676)四月，尚之信卻軟禁患病的父親，接受了吳三桂招討大將軍的偽職
，並奪了弟弟的兵權。吳三桂雖給了尚之信輔德親王的封號，但他又想要奪取尚之信的實力。尚之信看出了吳三桂的險惡用心，心中非常害怕深感後悔，於是馬上向清軍請降，同時也得到康熙的恩準。十六年三月，大軍入粵，詔令尚之信承襲其父平南親王爵，下屬將領各複京職，兩軍合擊吳三桂叛軍於韶州，大勝。廣東至此全境平定。
緊接著康熙就全力以赴來對付吳三桂了。這時吳三桂駐守在湖南衡州，眼看東線耿精忠、西線王輔臣、廣東尚之信先後降清，但是他並不死心，為了鼓舞士氣，過過皇帝癮，竟於康熙十七年(1678)三月初一，把衡州改為定天府，作為“國都”，當年改為昭武元年，演出了登基做皇帝的一幕醜劇。也許真是天意難容，及至八月吳三桂就一命嗚呼了。
吳三桂死後，由其孫子吳世藩繼位。此時，叛軍勢力已大不如前，人心渙散，處於孤立無援四麵楚歌的境地了。這時康熙一方麵更加強調招撫政策，以便分化瓦解，一方麵加緊了軍事進攻。清軍勢如破竹，於康熙十八年(1679)收複湖南，十九年平定了四川。二十年(1681)正月貴州收複。同年二月，清軍分三路進抵昆明，組成了數十裏的包圍圈。同年十月，城中食盡援絕，吳世藩服毒自殺，部將開南城門投降。三藩之亂曆經八年終於徹底平息。
削平三藩，消除了地方割劇的隱患，康熙統一了大陸，加強了中央集權製度，有利於社會經濟的發展和繁榮，也有利於早收複寶島——台灣，最終完成國家的統一。