在公元600年，整個瑪雅民族離開了他們辛苦建築的城池，舍棄了廟宇、金字塔和廣場。瑪雅文明開始走下坡路，征兆是不再雕刻石碑。危地馬拉的提卡爾最後一塊石碑完成於公元869年，整個瑪雅地區最後一塊石碑則完成於公元909年。不僅如此，神殿、宮殿等最足以代表瑪雅文明的建築也不再興建，彩陶也不再製作，一般民眾也很少興建新房舍，城市四周的人口減少，考古學家估計當時的提卡爾人口，至少減少了2．5％。
公元10世紀後，那裏徹底變成了一片廢墟，究竟發生了什麽重大變故，使得瑪雅人拋棄了美麗的家園?由曆史學家證實，瑪雅人的城市既不毀於戰火，也不毀於自然災難，那它到底怎麽消失的呢?
據說瑪雅人在公元909年的某一天，百分之八十的人口突然莫名其妙地消失了，僅留下未建好的寺院。自當天起，瑪雅人祖先的睿智也急速消失，殘留下來的瑪雅人開始變得無知與頹廢。從10世紀初期開始至1492年發現美洲大陸的600年間，中美洲的居民深陷於因無知而起的戰爭深淵中。16世紀西班牙人進入尤加坦半島之前，原來隻有一種的瑪雅語已經分化成27種方言。
在提卡爾遺址上，考古學家發現許多覆蓋於岩石及毀壞的拱形屋頂之下的墳墓，卻未發現任何修複的跡象。附近神殿和宮殿的壁畫也受到嚴重的破壞，石雕人像的臉部多半被削掉，石碑也被移作其他建築的材料。可是有關9世紀時叢林瑪雅的消滅，卻至今都毫無線索可追尋。
考古學家還發掘出前後明顯不同的製陶方式，當時的陶器不是突然放棄不再製作，而是改製比較薄而質地更為精細的陶器。但是，這種陶器在使用不久之後，瑪雅人也放棄了，原因可能與傳統支配階層崩潰對陶器的需求性消失有關，這反映了瑪雅人當時或許已經處於外族的統治之下。□有學者認為是因為城內糧食供給不足，建於叢林中的瑪雅帝國，在發覺此地無法生存後便做了一次種族大遷徙，來到齊幹伊莎定居，又綿延兩個世紀才滅亡。也有學者認為，瑪雅帝國外受遊牧民族的襲擊，內部則因發生內亂，整個帝國在遭受巨變後潰退逃散，然而何以勝敗兩方麵都走得無影無蹤?沒有人能夠找到合理的答案。
1839年，探險家史蒂芬斯率隊在中美洲熱帶雨林中發現了古瑪雅人的遺跡：富有的宮殿、壯觀的金字塔和刻有古怪象形文字的石板，以及上麵精確的曆法，此後引來世人的極大興趣和高度關注。考古學界對瑪雅文明湮滅之謎，提出了許多假設，諸如外族入侵、人**炸、疾病、氣候變化……這給瑪雅文明塗上了濃厚神秘的色彩。為解開這個千古之謎，20世紀80年代末，一支包括考古學家、動物學家和營養學家在內的共45名學者組成的多學科考察隊，踏遍了常有美洲虎和響尾蛇出沒的危地馬拉佩藤雨林地區。這支科考隊用了6年時間對約200多處瑪雅文明遺址進行了考察，認為瑪雅文明是因爭奪財富及權勢的血腥內戰，自相殘殺而毀滅的。
瑪雅人並非是傳說中那樣熱愛和平的民族，相反，在公元300至700年這段全盛期，毗鄰城邦的瑪雅貴族們一直在進行著爭權奪利的戰爭。瑪雅人的戰爭充滿了極端的恐怖，士兵用矛和棒作兵器，襲擊其他城市抓獲俘虜，並把他們交給祭司作為向神獻祭的禮品，這種祭祀正是瑪雅社會崇拜神靈的標誌。
瑪雅社會曾相當繁榮，農民墾植畦田、梯田和沼澤水田，生產的糧食能供養激增的人口。工匠以燧、石、骨角、貝殼製作藝術品，製作棉織品，雕刻石碑銘文，繪製陶器和壁畫。但自公元7世紀中期開始，瑪雅社會開始衰落了。隨著政治聯姻情況的增多，除長子外的其他王室兄弟受到排擠。一些王子離開家園去尋找新的城市，其餘的人則留下來爭奪繼承權。原來為祭祀而戰，這種“窩裏鬥”則變成了為爭奪財富、權力而戰，結果城毀鄉滅，最後隻有10％的人幸存下來。
公元761年，杜斯·彼拉斯城的王官覆滅可視為瑪雅社會衰落的一個起點。杜斯·彼拉斯是方圓1500英裏內的中心城邦，它遭到鄰近托瑪瑞弟托城來的敵人的攻擊。一個裝有13個8歲至55歲的男人的頭顱的洞證明該城被攻占時遭到了斬草除根的大屠殺。八天後，在石頭刻板上記錄了如下的精確細節：勝利者舉行了“終結典禮”，砸爛了王座、神廟和刻板。一些貴族逃到附近的阿瓜迪卡城，這是一個巨大裂縫環繞的天然要塞，他們在那裏苟延殘喘了40年，最後還是遭到了敵人攻擊而滅亡。公元800年，阿瓜迪卡已是一座鬼魅遊走的死城。公元820年以後，瑪雅人舍棄了千年間建立了無數城市的雨林，再也沒有返回這片文明的發源地。瑪雅文化中的精華如象形文字、天文、曆法等知識也消失殆盡。
除此之外，有人認為瑪雅人的消失是由外星人運用大型宇宙飛船集中人力、物力進行突擊性的運送來完成的一次星外大轉移。有人根據瑪雅人神秘的生活方式和來源，推測瑪雅人神秘的消失，是一種有計劃、有目的、有步驟、有安排的移民行動，而遷移的處所則是地球外的一個星球。