大順軍的攻克北京和崇禎帝的自盡，標誌著明王朝的覆亡。但是，淮河以南絕大部分地區仍然處於明政府管轄之下。當大順軍向北京進軍時，南方部分官員知道京師難保，已經作了從海路迎接太子朱慈烺來南京監國的準備。複社巨子陳子龍（後麵還會有專門的篇章講他與名妓柳如是轟動一時的情緣）被調到南京吏部任職後，立即說服江南巡撫鄭瑄秘密上書北京，提出將皇太子接到南京的計劃，為建立南明政權作準備。其他人則在祁彪佳的統率下開始沿長江下遊建立水軍，準備保衛江南。
但隨著大順軍兵臨北京城下，朝廷的一切政令無法發出，南北的消息從此中斷。
1644年四月一日，史可法領銜發布了“號召天下臣民起義勤王捐貲急事”的南都公檄，檄文中提到“南北之耗莫通，河山之險盡失”之類的話。四月七日，史可法率兵渡江準備北上“勤王”。幾天之後，北方傳來了朱由檢在三月十九日自盡於煤山的消息，這消息在四月十七日才被從北京逃出來的原大學士魏炤乘證實。這個消息不僅震動了南京的大臣們（自明成祖朱棣遷都北京後，南京作為陪都，有獨立的六部和五軍都督機構。南北兩京的體製，目的是以南京控製南方財賦，以北京控製北方邊防），而且很快傳遍了南方，在動**的不安中掀起更新更高的浪潮。
此時作為陪都的南京很自然地成了明朝半壁江山的政治中心。首先要考慮的是崇禎皇帝的繼承者，當時誰也不知道皇太子朱慈烺或他的兩個幸存的弟弟的下落。李自成曾經將三名皇子一起帶往山海關，但自從大順軍在山海關戰敗起，兵荒馬亂中，各方麵的人士大抵都弄不清崇禎帝三個兒子的下落。
當時幾個從河南和山東的封地逃出來的明朝藩王已經到了淮河地區。其中最重要的是福王朱由崧和潞王朱常淓（潞王是隆慶皇帝之孫，也是著名畫家和書法家。當農民軍進攻其封地所在的河南西北部時，他曾親自督師禦敵）。
在皇位繼承的競爭者中，潞王朱常淓被認為是最賢明和最謹慎的，他得到東林黨人兵部侍郎呂大器、禮部侍郎錢謙益和翰林院詹事薑曰廣的支持。但潞王隻是皇帝旁係的侄子，而福王則是明神宗朱翊鈞之孫，福王朱長洵長子。在皇位的繼承資格上，潞王較福王遜色。因此，盡管福王有“無知、貪婪、酗酒、凶殘、專橫、好色、不孝”的名聲，但在現存的諸王中卻與皇室的血緣最近。於是，在決定由誰繼承皇位的問題上，以“賢”取人的一派同以“親”取人的一派發生了衝突。
擁立福王朱由崧的是鳳陽總督馬士英（1619年進士）。1632年，馬士英在北方任宣府巡撫時，因賄賂罪被流放戍邊，後來經其同年阮大铖說情，得以免除流放。
繼位之爭實際上是明末黨爭的延續。從當時的情況來看，福王最符合輪序。當時的有識之士都主張由福王朱由崧繼統，如淮撫路振飛“遺書南京兵部尚書史可法，謂倫序當在福王，宜早定社稷主”。但一部分東林黨人卻從狹隘私利出發，強烈反對由福藩繼統，原因是朱由崧的祖母是備受神宗寵愛的鄭貴妃，從萬曆到天啟朝廷上圍繞著儲君問題展開的“妖書”、“梃擊”、“移宮”等轟動一時的案件都同鄭貴妃有關，何況正是由於東林黨人的力爭，神宗和鄭貴妃希望立福王朱常洵（即朱由崧的父親）為太子的圖謀才化為泡影。因此，他們擔心一旦朱由崧登上帝位，重翻舊案，自己在政治上將會失勢。
禮部侍郎錢謙益當時被視為東林黨魁，他兩次從老家常熟趕往南京，以“立賢”為名，到處遊說，提議迎立潞王朱常淓。支持錢謙益的有南京兵部侍郎呂大器和南京政府的大多數文職大臣。
具有舉足輕重地位的南京兵部尚書史可法則處於進退兩難的境地。史可法是東林黨人左光鬥的得意門生，自然對擁立福王有所顧忌，他曾經寫信給馬士英，說朱由崧“貪、**、酗酒、不孝、虐下、不讀書、幹預有司”七不可立的理由（這封信後來成為馬士英逼史可法出朝的有力法寶）；但當時史可法作為南京的首席大臣，更關心政局的穩定，他擔心舍親立疏將引起更大的政治風波。
馬士英想要兵不血刃地實現擁立福王的計劃，就需要強大的軍事實力。馬士英本人並無足夠的軍隊操縱此事，但他小心遊說，爭取到淮河流域的鎮將們的支持，手握重兵的高傑、黃得功和劉良佐很快都相繼作出支持福王的明確表示。山東總兵劉澤清一度支持東林骨幹擁立潞王，當他得知高傑、黃得功、劉良佐三鎮的動向後，自知兵力不敵，立即隨風轉舵加入了擁立福王的行列。四月末，福王繼統已成定局。
說穿了，福王在這場“賢”與“親”的競爭中獲勝，幾乎可以被看作是一場軍事政變。《明史》也正是從這一角度來記述這一事件的：“（南京）廷臣集議，吏科給事中李沾探士英指，麵折大器。士英亦自廬、鳳擁兵迎福王至江上。諸大臣乃不敢言。王之立，士英力也。”
生於憂患死於安樂的弘光政權（4）
當南京大臣們決定擁立福王以穩定局勢時，史可法正在長江對麵的浦口。他對此事的默認，宣告了這場皇位繼承危機的結束。明崇禎十七年（清順治元年，1644年）五月初三，馬士英等擁立明福王朱由崧監國於南京。福王抵達南京時，朝臣們早已修繕了武英殿供其居住。五月十五日，朱由崧即帝位，年號弘光，史稱弘光皇帝。
弘光皇帝在宣布改元的同時，所有官員都進爵一級。新皇帝親自向任職六部和內閣的每一位六十歲以上的大臣祝酒，願他們健康長壽；並赦免了被劾免職的官員；任命從北方南逃的未投降農民軍的士大夫為官；計劃開科取士；宣布大赦天下；廢除自1629年始征收的沉重的練餉；河北、山西和陝西免稅5年；山東、河南免稅三年；長江以北其他地區和湖廣的賦稅減半；遭到農民軍劫掠的四川省及江西部分地區的賦稅減免30％。但上述地區都不是南明政權所能完全控製的。（顧炎武《聖安本紀》）
這位弘光皇帝果然同他的父親福王一樣沉溺於酒色，“帝深居禁中，惟漁幼女，飲大酒，雜伶官演戲為樂”，被後來史家稱為“暗弱”的典型。在南京即位後，弘光皇帝在其養母（據說這位養母隻比他大幾歲，而且兩人的感情可能已經超過了母子的界線）的催促下，決定娶親。他堅持隻要以美貌著稱的杭州姑娘。奉旨前往那美麗城市選美的欽差，便乘機拐騙少女。當欽差未能使其主子滿意時，蘇州、嘉興和紹興地區的百姓也被責令獻出最美的少女以供皇帝挑選。據說，馬士英和阮大铖二人還從南京老鴇處買來一些將作娼妓的處女獻給福王。有一條史料記載，弘光皇帝對這些人肆意**，在一夜之間，便有兩人因福王的酒後縱欲而死亡。弘光皇帝還派人四處逮癩蛤蟆剝取蟾酥，以做**使用。內官們公然打著“奉旨捕蟾”的旗號督促百姓捕捉，民間因此稱弘光為“蝦蟆天子”。
（明朝還有個“蟋蟀天子”，即明宣宗朱瞻基。朱瞻基聽說蘇州的蟋蟀特別好，特意命蘇州采辦，搞得蘇州百姓雞犬不寧。當時有歌謠雲：“促織瞿瞿叫！宣宗皇帝要”。）
弘光政權是大官僚軍閥派係鬥爭的典型產物。馬士英等以擁戴有功，開始把持朝政，與高弘圖等東林黨人針鋒相對。在百姓的眼裏，則是“長官多如羊，小吏賤似狗……可歎江南錢，盡入馬家手。”
擁立問題對弘光一朝政局的影響極大（在金庸的名著《鹿鼎記》中我們也可以看到愛國誌士們為自己擁護的皇位繼承正統而內鬥不斷）。從後來的事實可以看到，東林黨人擁立的潞王朱常淓並不比福王“賢”多少，證明東林黨人的真正用意是排除福王，以確保崇禎時期東林—複社黨人在政治上的操縱權；特別是如果潞王以較遠的宗支而被迎立，錢謙益等人有“定策”之功肯定可以飛黃騰達。這種極端的私心並沒有隨著弘光皇帝的登基而結束，南明政權陷入了無休止的黨爭中，後來相繼出現了三大案，都是黨爭的結果。內耗既烈，當然無暇他顧，根本談不上恢複進取被滿清占領的江山。
而史可法本人當斷不斷，反受其亂”的性格也從這件事上可見一斑。他缺乏雄才大略，總想處處應付，最後落得個事與願違。史可法在沒有斷然決定擁立福王，致使福王朱由崧和馬士英求助於鎮將，形成後來武將無功封爵、跋扈自雄的局麵。史可法從此也大權旁落，這是他自食其果。
1644年五月十六日，馬士英入閣主持政務兼任兵部尚書。四天後，史可法渡江往淮陽督師。盡管在整個弘光時期，史可法的加銜都略高於馬士英，但在弘光皇帝登基一天後，史可法即被排擠出外，由在朝輔政變成了在外督師，足以說明他的失勢。
吳縣諸生盧謂率太學諸生上書，極力說史可法不可出，又說：“秦檜在內，而李綱在外，宋終北轅。”一時朝野爭相傳誦，稱為敢言（清·戴名世《乙酉揚州城守紀略》）。可惜為時已晚。
史可法臨行前，含淚對人說，他所以北上，是為了報答已故的崇禎帝之恩。有人稱讚他說：“史公就像是三國時代的諸葛亮，文武兼備。”史可法回答說：“我恐怕沒有諸葛亮那樣的才能，卻很想效法他‘鞠躬盡瘁，死而後已’的精神！”這是句實話，史可法確實隻是個文人，缺乏諸葛亮那樣的軍事才能。
據《明史》記載，史可法是被馬士英逼迫離開南京的。馬士英威脅史可法說要將其詳舉福王劣跡的信交給福王（即前麵提過的“七不可立”的信）。史可法可能對此事深懷疑懼，害怕被指控犯有大不敬罪。為自己的安全計，他決定離開朝廷。
史可法還擔心自己與馬士英的矛盾會引起黨爭，所以當他動身去揚州前，特意上疏弘光皇帝，疏中讚揚了馬士英，並特別提到馬士英在弘光帝登基的過程中所起到的重要作用。這奏疏自然是做樣子給大家看的，表明他與馬士英並無矛盾。