顯微鏡可依光源和透鏡係統的不同，分為光學顯微鏡和電子顯微鏡。光’學顯微鏡是利用自然光線為光源，經過光學玻璃透鏡聚焦後，使物體形成物像。以便觀察的儀器，有簡單顯微鏡和複式顯微鏡之分。電子顯微鏡是利用波長極短的電子束為光源，經電磁透鏡聚焦，使極小的物體成像。目前，常用的有掃描式電子顯微鏡和穿透式電子顯微鏡。